1992年，南通县共有小学415所，中学125所，其中普通高中21所，职业高中1所，职业学校6所，中等专业学校2所，共有在校学生14.8万人。1994年末，全市各乡镇基本普及九年义务教育，基本扫除青壮年文盲。1996年5月，全市召开推进教育现代化工程动员大会，揭开通州教育二次创业序幕。1997年，川港镇成为南通市第一家申报并通过验收的江苏省实施教育现代化工程示范镇。2004年6月，启动“六有”（有整洁的校园、师生满意的食堂、冷热饮用水供应、水冲式厕所、安全的宿舍、寄宿生每人一张床位）工程，到2005年9月，94所学校全部完成省市下达的任务，于当年12月1日通过省教育厅验收。2006年，农村初中合格学校建设“四配套”（即省教育厅制定的《江苏省中小学教育技术装备标准》（试行））工程完成阶段性任务，有25所定点初中完成合格学校建设。次年，48所定点小学也全部通过省、市“四配套”工程验收。2008年，全市推进区域教育现代化建设，总投入近4亿元，其中财政直接投入2.5亿元。2009年6月，全市有成型幼儿园54所，在园幼儿2.12万人。共有各类学校115所，在校学生11.59万人，其中小学58所，在校生5.51万人；初中35所，在校生2.84万人；定点普通高中10所，在校生2.12万人；职业学校（含中等专业学校）12所，在校生1.12万人；教职工1.07万人。

1993年起，全市取消小学毕业生升学考试，初中实行面试划片招生，就近入学。2000年，职业中学招生全面实行“注册入学”制度。2003年起，为促进教育均衡发展与有序竞争，全市实行奖励金制度，热点普通高中试行部分招生指标分配制度。2000年，师范院校毕业生全部进入人才市场，实行计划指导下的“供需见面、双向选择、择优聘用”的办法落实就业单位。2003年起，实行师范院校毕业生招考录用制度。2006年，通州市师范毕业生“双向选择”“凡进必考”制度荣获南通市行风建设工作“创新奖”。2008年，通州市设立优秀教育人才教科研津贴奖，对被评为江苏省特级教师、南通市学科带头人、骨干教师的在职在岗人员，经考核合格后享受优秀人才教科研津贴。

1997年，通州市中学高考质量综合评估进入省重点中学十强行列。全市高考成绩排名不断提升，由2001年的全省第38位，上升到2003、2004年度的第3和第5位。2008年，全市高考语数外平均分列全省第9名，特征分平均分列全省第10名，投档分平均分列全省第8名。至2008年末，全市先后建成3所省四星级高中、6所省三星级高中、13所省示范性初中、9所省实验小学、6所省优质幼儿园，有14个镇跻身省实施教育现代化工程示范镇或先进镇行列。