1990年6月，恢复南通县地震办公室。1996年7月，通州市被国家确定为地震重点监视防御区。1997年7月，通州市地震办公室更名为通州市地震局，为市政府直属正科级事业单位，委托市科委管理。人员编制由1名扩充为4名，内设综合管理科，下设5个地震宏观点，3个防震减灾宣传点。1998年3月1日，《中华人民共和国防震减灾法》开始施行，全市防震减灾工作纳入法制化轨道。2000年，通州市建立防震减灾工作联席会议制度，办公室设在地震局。2001年，在市行政审批服务中心设立地震局服务窗口。

1992年末，南通县设有用于地震地下水观测的“苏12井”和2个二类地震宏观测报点、4个三类地震宏观测报点。

“苏12井”列为国家地震测报井网，位于刘桥镇慎修村（北纬32°08′、东经120°50′）。井下地质结构处于吕四—黄桥东西向断裂和与之相交的北北东向断层交叉部位，井深689.75米，其上建有井房。“苏12井”主要用以观测301.3米以下的岩溶裂隙承压水，含水层为三迭纪粗晶大理岩，水位埋深10米左右，随着地下水开采，水位逐年下降。井孔套管313.32米，将新生界隔住，质量较好。观测资料表明，“苏12井”水动态有规律，能反映固体潮，半月周期明显。1993—2000年，“苏12井”观测资料多次在江苏省地下水观测资料质量评比中获优秀奖。2001年9月，“苏12井”进行全面技术改造，由数字化监测仪、计算机网络传输替代传统的HCJ-1型记录纸记录，成为无人值守、数据通过计算机网络自动传输的现代化地震地下水观测系统。2002年6月，“苏12井”数字化改造工程通过省地震局验收，并投入正常运行。至2009年6月，累计观测处理数据近千万个，积累了大量地下水位宏观观测资料，为上级地震部门及有关单位进行震情分析和科学研究提供基础数据。

2005年，全市形成9个地震宏观监测点、8个宏观哨、3个防震减灾科普宣传点、23个建制镇灾情速报员组成的群测群防网络。2006年12月，位于市行政中心大院内的通州数字强震台建成。2007年，全市新增地震宏观监测点21个。2008年，市地震局自制电源监视装置，对仪器设备供电情况进行实时监视，确保监测数据、资料传输畅通。

通州市地处长江下游平原，为持续徐缓沉降区，地质构造不具备发生大震的条件。根据中国地震局、国家建设部规定，通州市建设工程按抵御6级地震要求进行抗震设防。1994年，通州市城区抗震防灾规划通过专家评审。1995年，制订防震减灾“九五”规划和2010年远景目标，将防震减灾目标纳入其中。1996年，加强对破坏性地震活动的管理，制订通州市地震应急预案。1997年起，开展多种形式的防震减灾知识宣传活动，提高群众避震能力。1998年，通州市将《中华人民共和国防震减灾法》列入“三五”普法计划。1999年，组织干部群众和学生参加由江苏省地震局和中国地震局宣传教育中心联合举办的“江苏省防震减灾知识竞赛”活动。2000年，出台《通州市工程建设场地地震安全性评价工作管理规定》，开展以地震安全性评价为主要内容的城市重大建设工程、生命线工程和可能发生严重次生灾害的建设工程抗震设防管理工作。市建设主管部门依照抗震设防要求，加强抗震设计、施工管理，对设计图纸、施工进行审核和监督，确保抗震设防措施到位。2001年7月，在市行政审批中心设立地震局服务窗口，会同其他职能部门把好建设工程抗震设防关。8月，中国地震参数区划图替代地震烈度区划图，通州地震动峰值加速度为0.05g，相当于地震基本烈度值VI度。2002年起，防震减灾宣传重点逐步转向中小学校，形式有印发地震科普资料、地震知识问答、举行竞赛、开办讲座、展出黑板报和展板等。2005年，刘桥中学被江苏省地震局授予“防震减灾科普教育基地”称号。2006年，会同市教育局、科学技术协会联合下发《关于在全市中小学开展防震减灾宣传教育的通知》，把防震减灾科普教育纳入学校综合素质教育计划。5月，南通市地震局、教育局、科协在刘桥中学召开创建防震减灾科普示范学校推进会，省地震局副局长张振亚到会并向刘桥中学颁发“省防震减灾科普示范学校”奖牌。2007年，金沙中学被省地震局、教育厅、科协命名为省防震减灾科普示范学校，金沙小学、兴东小学、十总中学被南通市地震局、教育局、科协命名为南通市防震减灾科普示范学校。2008年5月，通州市召开防震减灾工作联席（扩大）会议，邀请省地震局研究员谢华章作地震形势分析报告。

通州及其邻近地区历史上发生的地震大多来自郯—庐带（山东郯城与安徽庐江）和扬—铜带（江苏扬州与安徽铜陵）。北纬32.5°以北，东经121°以东的黄海南部凹陷地带发生的中强地震，对通州境内均有影响。历史上除明万历四十三年（1615年）在长江破碎带南通狼山近处发生的严重地震载于州志外，无其他重大破坏性地震记录。1949年至1992年末，南通县境内和发生于周边波及境内的有感地震分别为47次和14次。1993—2008年，通州境内和发生于周边波及境内的有感地震分别为7次和15次。