1998年，通州市成立知识产权领导小组。2005年1月，经市政府批准，市科技局增挂通州市知识产权局牌子。2008年5月，市科技局内增设知识产权科，负责办理有关知识产权方面的具体工作。

2002年，通州市在省内率先出台专利申请奖励办法，并在《通州日报》辟知识产权保护专栏。7月，通州市被省科技厅、省知识产权局确定为全省首批知识产权工作试点县（市）。2003年4月，通州市组织有关部门配合南通市知识产权局开展春季知识产权行政执法联合行动，对通州广场和上海农工啇超市通州店两家超市假冒专利产品进行查处。

2004年，为动员和鼓励企业及个人关注和保护知识产权，市科技部门先后4次邀请专家、教授为各镇科技助理、高新技术企业和民营科技企业负责人、技术骨干共630多人作讲座，传授知识产权保护及申办专利的法律法规和业务知识，推动知识产权保护工作深入开展。2005年1月，市知识产权局被省知识产权局评为省宣传培训工作先进单位。

2006年3月，川港镇志浩市场东帝安公司从台湾引进的100多个家纺花型被两家经营户翻版，市有关部门依法进行查处，对翻版户给予行政处罚。

2008年，在川姜镇南通家纺城特色产业密集区成立镇级知识产权管理办公室，进一步推动企业自主创新。市知识产权局出台《关于组织实施知识产权推进计划》，培育知识产权示范企业10家，实施专利技术产业化计划32项，资助专利申请金额82万元。是年，市法院在南通家纺城成立全国第一个设在市场的知识产权巡回审判庭，至2009年6月底，审结家纺版权纠纷200多起。

2009年，南通家纺市场被世界知识产权组织授予“版权创意金奖”单位奖。