1992年11月，根据《南通市专利管理工作暂行规定》，县科委成立专利科，专利管理工作趋向规范化。2000年，通州市专利工作被列入乡镇科技工作目标考核内容，全市申请专利90件，通州市东亚液压工具有限公司专利“螺栓液压上紧装置”获“中国专利十五年成就展优秀项目奖”“第九届中国专利新技术新产品博览会金奖”，拥有17项专利技术的南通冷冻设备厂被评为江苏省专利工作先进单位。全市35人获省专利局颁发的企业专利者证书。2001年，全市发放专利补助经费2.68万元。市科技局被省科技厅、省知识产权局授予专利工作先进集体。2002年，通州市被南通市评为专利工作先进集体。2003年，江苏中联科技有限公司研发的“中高压铝电解电容器和电极箔的二、三、四级制造方法”和“低压用铝电解电容器和电极箔的三级制造方法”等，获4项发明专利。2004年，将《专利法》及实施细则制作成图文并茂的展板，在全市五大集镇巡回展览，吸引近万人观看。2005年，市科技局调整专利申请资助办法，由一次性资助改为申请授权后两次资助。2006年，市科技局促成市生产力促进中心与南京经纬专利商标代理有限公司合作，为通州企业申请专利提供快捷服务，实现通州市专利服务机构零的突破。2008年，南京经纬专利商标代理有限公司南通办事处在通州挂牌成立。是年，实施专利技术产业化计划32项，专利申请资助额达82万元。先后举办企业专利数据库应用、企业专利知识等各类培训班，培训1500人次。邀请南京、上海等地专利代理人深入市内重点企业和专利大户开展指导服务。

2002年后，通州市专利产业化进程加快。南通兴龙线带机械有限公司研制开发的电脑控制提花编织机申报专利，2002年获科技部中小企业创新基金资助65万元，2003年获省科技进步三等奖、南通市科技进步一等奖。该专利产品投放市场后，取得可观的经济效益。2002—2003年，江苏中联科技集团有限公司发明专利5项，创造了新的经济增长点。2003年专利产品销售额达3.5亿元，占公司销售额的70%。2006年，江苏综艺集团和南通江海高纯化学品有限公司被列为省知识产权战略推进计划项目企业，江苏中联科技集团被列为省重点领域企业和行业知识产权战略推进计划项目企业。至2009年6月，全市高新技术企业和民营科技企业累计实施专利3780项。专利产业化实现产值190亿元，专利产品利税50亿元。