1993年起，通州市每年都要根据国家和省重点农业科技项目申报指南，结合全市实际到有关部门和涉农单位开展农业科技项目调研和组织申报工作，年均申报南通市级以上科技项目约15项，2000年以后申报项目每年都超过20项。1996年，组织的第一批农业科技项目“春季极早熟、秋延后蔬菜”栽培技术研究与应用等18个项目被列为通州引进、试验、示范和研究项目，“高标准稻麦丰产方灌排降系统规划及综合评估信息系统研究”等9个项目列为软课题，其中“优化配方施肥——测配产供施成套技术推广应用”等项目，还被国家、省列为重点科技推广项目。

1998年，通州市组织有关专家规划“平潮三元杂交商品瘦肉猪产加销科技示范园区”和“骑岸镇农业科技成果推广示范带”建设，并通过论证。1999年，重点建设海晏滩涂贝类产业化经营科技示范园区、横港优质肉鸽产业化经营科技示范园区、金通农业机械化科技示范园区、横马“三高”农业科技示范园区、石南稻田养殖科技示范园区和蔬菜名特优种苗科技示范园区、二甲精品葡萄园、通州市优质高产麦稻油繁育中心、平潮三元杂交商品瘦肉猪养殖基地、通州名贵食用菌产、加、销中心。其中海晏滩涂贝类养殖科技示范园区、横港优质肉鸽养殖科技示范园区被列为南通市农业科技示范园区。2001年，石港稻田养殖、海晏滩涂贝类养殖、兴仁特种养殖、兴东农业高新科技、四安高效农业5个园区被定为通州市农业科技示范园区。2002年，全市建有各具特色的农业科技示范园区28个，其中通州市级以上重点农业园区10个，全年实现产值9.6亿元，利税1.4亿元，创汇570万美元。2003年，分别在石港、四安、刘桥、新联建成13～33公顷的稻田养殖基地10个，全市稻田养殖面积达8333公顷，年初通过招投标重点支持的8个特色农业项目，大部分已成为通州市农业结构调整的亮点。川港镇、新联镇分别建成33公顷无公害设施栽培蔬菜基地和400公顷出口蔬菜生产基地。2004年，市科技局联合市农工办、农林局、农机局等单位，举办以“推广农业先进技术，增强农民致富本领”为主题的首届农业科技节。上海、南京等地6所高校和科研院所的20多名教授、专家出席。首届农业科技节现场发布农业生产和加工方面新成果2000多项，签订合作意向22项，同时，根据通州农业五大区域特色，组织高校教授和本地专家40多人，在金沙、石港、三余、川港、新联镇开展技术培训，赠送科技成果资料。同年，石港镇稻田养殖示范园区，每公顷净收入达3万元，带动全市稻田养殖发展到1万多公顷。新联镇出口蔬菜科技示范园区出口蔬菜品种发展到近30个，带动农民增收800多万元。嘉安食品有限公司建成投产并加工出口蔬菜4000多吨，创汇500多万美元。2005年，金沙水芹种植科技示范园区带动水芹种植666.7公顷，共增加经济效益5000多万元。江苏嘉安食品有限公司引进开发出口蔬菜品种发展到20多个，带动农民增收1000多万元。2008年6月5日，通州市第二届农业科技节暨科技项目洽谈会在市行政中心举行，上海、南京、无锡、扬州的农业高校、科研院所的30多名专家与全市150多名涉农企业技术负责人和种植、养殖基地大户进行项目对接和技术咨询。专家们还分赴金沙镇水芹基地、通州景瑞蔬菜基地、南通奇园葡萄科技有限公司、通州新中乳腐厂、通州市专用肥料厂、石港三黄鸡合作社、三余镇千头猪场等20多家涉农企业及种植、养殖基地进行现场指导。之后，直至2009年6月，市科技局配合农林部门，选派专业技术人员进驻水芹、景瑞等蔬菜基地进一步落实专家咨询意见。