1993年起，江苏省开始认定高新技术企业，其认定标准包括大专以上人员比例，从事研究开发人员比例，年销售收入、高新技术产品收入与技术性收入之和占总收入比例，研究开发经费占总收入比例，全员劳动生产率，人均利税等方面。全市各行业主管部门在市科技主管部门引导下，围绕省颁布的高新技术企业认定标准，组织有条件的骨干企业、民营科技企业开展高新技术企业创建工作，加快高新技术改造传统产业的步伐，促进产业结构和产品结构调整，形成以高新技术为主导的产业结构。经省科技厅和相关部门联合审定，1993年，全市有“高比容中高压化成箔”“涂塑钢管及管件”等6个产品被认定为高新技术产品。到1998年，全市有省高新技术企业15家，省级高新技术产品34个，销售收入超8000万元的省高新技术企业5家，高新技术产业产值18.6亿元。

2000年，江苏东源电器集团股份有限公司、南通江海电容电器厂被国家科技部认定为国家重点高新技术企业和实施国家火炬计划重点高新技术企业。2002年1月，通州市在北京召开高新技术改造机械、纺织、轻工、建筑等传统产业发展论证会，同年3月，邀请中国高新技术产业研究会部分专家到通州考察指导。2003年，经国家科技部火炬技术产业开发中心批准，通州市成立以南通江海电容器厂、江苏中联集团等骨干企业及平潮、兴仁等地为主体的火炬计划通州电子元器件及材料产业基地，规模迅速扩大，市场竞争力显著增强，主要产品技术指标接近国际先进水平。至2009年6月，基地实现工业总产值229.6亿元，销售收入总额214.2亿元，利税41.9亿元，利润20.5亿元，分别占全市规模以上企业的24.5%、23.5%、25.6%和22.2%。

2007年，通州市被认定为国家级高新技术企业4家、省级高新技术企业30家（包括省“双密”企业2家、省自主创新示范企业1家）；实现高新技术产业产值162.78亿元，比上年增长48.7%，占全市规模工业产值22.5%；完成高新技术投资27.88亿元，占全市规模工业投资23.8%，投资额及增幅等指标居南通市所属县（市）前列。2008年开始，实行新的高新技术企业认定办法，凡通过认定的企业，享受所得税优惠。根据国家企业所得税法调整，重新申报认定省级高新技术企业6家，分别为江苏华宇印涂设备集团有限公司、创斯达（南通）机电有限公司、南通江海电容器有限公司、江苏东源电器集团股份有限公司、江苏桑夏太阳能产业有限公司和南通冷冻设备有限公司。新认定省级以上高新技术产品18个、民营科技企业270家，实现高新技术产业产值238.13亿元，比上年增长46.3%，占规模以上工业企业的26.5%，比上年提高4个百分点。2009年6月，又新增江苏金太阳纺织科技有限公司、通州市诚信氨基酸有限公司、通州海狮船舶机械有限公司、南通市红星空压机配件制造有限公司、南通海星电子有限公司、南通山口精工机电有限公司、江苏久泰电缆有限公司、南通星维油泵油嘴有限公司、南通四方纺织机械有限公司、南通泰富电器制造有限公司、通州市四安球墨铸铁有限公司、江苏通达动力科技有限公司、南通华新环保设备工程有限公司、南通明德重工有限公司、南通御丰塑钢包装有限公司、南通东帝纺织品有限公司和南通中利机电高科技有限公司17家省级高新技术企业。全市列入高新技术领域统计的企业增加到146家，高新技术产业产值295.83亿元，占全市规模以上工业企业的28.2%。