通州市科技经费主要来自三部分：财政预算支出以不低于总支出1%划拨、通过申报各类科技计划项目从上级有关部门争取、企业自提的研发经费（高新技术企业按销售收入4%～5%提取，其他企业按1%～3%提取）。

1993—1996年，全市共投入科技经费5400万元，其中科技拨款129万元，科技发展基金177.8万元，下达科技三项经费535万元。1997年，全市初步建立多渠道、多层次的科技资金投入体系。市、乡镇财政每年安排不少于财政预算支出1%的科技三项经费，主要用于科技试验、示范、推广；市科技发展基金和科技进步基金，主要用于科技开发，鼓励企业提足技术开发费；金融部门大力扶持科技项目，全年发放科技贷款2300万元。2001年，江海电容器厂研究开发的特质聚合物固体铝电解电容器项目获科技部中小企业技术创新基金无偿资助50万元。2002年，南通中银纤维制品有限公司申报的江苏特种与功能化纤维工程研究中心获省基础设施经费200万元。2003年，江苏中联科技集团申报的江苏省电子元器件功能材料与装备工程技术研究中心获省科技经费200万元。2004年，中联科技集团“高压高比容电极箔”项目获省科技成果转化专项资金1000万元。按照重点科技项目重点支持原则，市政府对江苏中联科技、江海电容器公司、综艺数码城等5家高新技术企业所承担的5个重大科技项目资助科技经费近1000万元。2005年，43个项目被列入省级以上各类科技计划，获科研经费资助2619.4万元。其中南通中利机电制造厂“金属化薄膜电容自动卷取机”、南通威明精工机械有限公司“WMBYC型全自动化吹式玻璃器皿成型机”、南通长虹电容器有限公司“CD264E-1绿色照明用高温长寿命铝电解电容器”3个项目获国家科技型中小企业创新基金160万元，南通江海电容器有限公司的“高分子聚合物固体铝电解电容器”、江苏东源电器集团股份有限公司的“ZFC-40.5、126KV智能型气体绝缘金属封闭开关设备”2个项目列入省科技成果转化专项资金计划，获资助2290万元。2006年，国家电子元器件及材料技术创新服务中心、省纺织布料服务中心各获经费资助50万元。江海电容器有限公司建成全省电容器行业唯一省级工程技术研究中心，并获经费资助200万元。2008年，创斯达（南通）机电有限公司的“特种应用领域的超高性能水泥基复合材料系列产品的研发与产业化”项目被列入省重大科技成果转化资金计划，获科技经费支持1000万元；另有4个项目被列入科技部科技型中小企业创新基金计划，获资助经费220万元。2009年上半年，市内有6个项目获国家科技型中小企业技术创新基金无偿资助300万元；江苏桑夏太阳能产业有限公司承担的“太阳能集中供热成套设备”被列入省重大成果转化资金计划，获无偿资助资金700万元。