1998年，通州市出台《关于实施技术创新工程的意见》，制定《通州市企业技术创新能力评价指标体系及其标准》，全市110家厂办科研机构，3000多名科技“二传手”从事科技成果推广和技术创新工作。全年获33项科技进步奖，其中省级1项，南通市级9项，申请专利40项。1999年，把厂办科研机构作为强化创新主体建设的重点，江苏东源电器研究所被批准为南通市级技术中心，南通电极箔厂与四川联合大学、中科院长春应用化学研究所合作组建的江苏省电极箔研究开发中心申报省级技术中心。2000年，全市基本形成以企业为主体的技术创新体系，全年开发新产品223个，其中国家级7个、省级26个。新发展省级技术开发中心1家、南通市级技术开发中心5家、南通市级工程技术中心1家、通州市级技术开发中心4家。2001年，先后在市百强企业、大中型骨干企业中建立研发机构226家，其中省、南通市级工程技术研究中心、技术中心、博士后技术创新中心12家。研发机构做到研发职能、研发人员、研发经费、激励措施、挂钩院校五落实，全年开发各类新产品232个，其中省级以上36个，实现销售收入2000万元以上的新产品10个。2002年，民营科技企业成为通州经济增长亮点，南通兴龙线带机械有限公司，自行开发生产PTH64型提花纺织机和PTH96型电脑控制提花编织机，采用先进电脑控制技术，实现销售8000余万元，利税2000万元。2003年，引导一部分基础条件好、开发能力强的企业积极创建省、市级工程技术研究中心，江苏中联科技集团组建的江苏省电子元器件功能材料与装备工程技术研究中心，顺利通过专家论证，成为通州市第二家（第一家为南通中银纤维制品有限公司，2002年被认定为省级工程技术研究中心，后因公司经营不善破产而消亡）省级工程技术研究中心。截至年末，全市各类企业建立研发机构169家。2004年，通州电子元器件及材料产业基地被认定为国家级高新技术特色产业基地。综艺数码城开发土地8.67公顷，储备土地13.33公顷，建成2万平方米标准厂房和建筑面积6000多平方米的研发中心。江苏中联科技依托省电子元器件功能材料与装备工程技术研究中心，与高等院校和科研院所合作开发一批具有自主知识产权的产品。南通兴龙线带机械有限公司等3家民营科技企业研发机构被认定为南通市级工程技术研究中心。2005年5月，出台《通州市企业研发机构管理与认定办法》，大力推进企业研究开发机构建设。全年新增南通市级工程技术研究中心2家。9月，南通综艺科技孵化器有限公司入孵企业达11家，被认定为南通市级科技孵化器。2006年，全市获南通市级以上科技进步奖13项，其中南通兴龙线带机械有限公司的“飞梭刺绣机”获省科技进步二等奖。首批认定市级研发机构9家，每家资助5万元。2007年3月7日，全市科技创新和人才开发年动员大会在市行政中心举行。江苏中联科技集团有限公司被确定为省首批创新型试点企业。2008年，南通华特铝热传输材料有限公司的“汽车散热器用超薄型高导热抗腐蚀高强度钎焊复合箔”、南通信达电器有限公司的“串联型复合式电涌保护器”、江苏华宇印涂设备集团有限公司的“环保智能型金属板彩印生产线”、南通山口精工机电有限公司的“低噪声长寿命电脑用微型轴承”4个项目获国家科技型中小企业技术创新基金。