1958年3月，南通县农科所成立。1960年7月迁至金西公社14大队（今金沙镇九华山村），9月迁至县苗圃（位于金西公社2大队，今金沙镇花家渡村）。1961年秋迁至姜灶农场（今市林苗圃）。1962年精简机构撤销县农科所。1972年10月在石港农场重建县农科所。1973年7月迁回金西公社2大队。1976年8月，在县农科所成立五七农业大学（后改为农干校）。1984年2月，县农科所与县农干校分开，明确为县农业技术推广中心下设的试验站（对外仍称县农科所）。1993年2月，更名为通州市农业科学研究所。2003年7月，更名为通州市农林科学研究所，为公益型全额预算事业单位。2009年6月底，全所在岗在编13人，其中高级职称2人，中级职称3人，初级职称2人；拥有耕地4公顷。

20世纪80年代，县农科所主要从事农作物的引种鉴定、评比、高产栽培试验和新品种选育等科研工作。1990年后，主要承担上级部门下达的农作物品种区域试验，新品种、新技术推广前的验证试验和水稻为主的新品种选育工作。1996年秋，选育水稻新品系“B14”，1997—1998年，在南通市布点示范种植。1999年，市农科所科研人员参与南通市水稻新品种“通粳109选育”项目，获南通市科技进步二等奖，2003年1月，通过江苏省品种审定委员会审定，定名为“通育粳1号”。2005年9月，“通育粳1号”取得农业部公告授权保护，“通育粳1号的培育与应用”项目获南通市科技进步二等奖。2005年3月，农科所划1公顷土地建立水生蔬菜新品种引种基地，当年引进水生蔬菜新品种7个。2006年，建立葡萄种植园0.67公顷，引进葡萄新品种3个，其中“户太8号”的引进在南通地区属首家。9月，“主要水生蔬菜病虫草控制技术研究与应用”项目获南通市科技进步三等奖。2008年，市农科所被确定为省级农业引智示范基地。至2009年6月底，先后申报、实施国家、省、市农业引智项目8项。

1992年8月，南通县建筑科技研究所成立。1993年2月，更名为通州市建筑科技研究所，为中介型事业单位。主要研究建筑工程中急需解决的实际问题，研究如何缩短建筑科技成果转化为生产力的周期，开发建工系统内空白专业技术，开展“四新”活动、高新技术服务，同时进行建筑材料、结构性能试验及鉴定、房屋质量咨询、机械设备检测检验。先后获得多项实用新型专利。2000年，塔机分块拼装式固定基础回收利用成套技术（FPJ）获省科技进步三等奖，并已转化为生产力，市场开发运营情况良好。进入21世纪后，通州市建筑工程总公司、南通第四建筑工程公司、新华建筑工程公司等大型建筑企业及部分中型企业都设立建筑科研开发机构，市建筑科技研究所一些骨干分子逐步转入这些机构继续从事建筑科研开发工作。

1993年开始，为提高企业科研开发能力，厂办科研机构快速发展，至1996年末，全市共建厂办研究所103个，比1992年增加82个，其中市属企业43个，乡镇企业60个；拥有科研人员1195人，比1992年增加967人，其中高级专业技术职称240人。此后，经济体制改革不断深化，民营企业迅速发展，大多数厂办研究所消亡，取而代之的是一些新兴民营企业建立的工程技术研究中心，中心主要任务是解决技术难题，开发研究新产品，加速研究成果转化为生产力，提高经济效益与社会效益。至2009年6月底，全市有江苏省企业院士工作站承接单位2家：创斯达（南通）机电有限公司、南通华盛新材料股份有限公司；省级工程技术研究中心16家；南通市级工程技术研究中心38家。