1992年末，南通县有各类专业技术人员2.24万人，其中高级专业技术职称298人、中级4275人。建有独立核算的科研单位5所，县级专业学会、协会、研究会以及乡镇厂企科协共100多个。

1993年后，通州市委、市政府大力实施科技兴市战略，认真贯彻落实《中华人民共和国科学技术发展十年规划（1991—2000）》和《中华人民共和国科学技术进步法》。1993年4月，通州市被国家科委确定为“国家科技成果重点推广计划集中试验区”，1997年顺利通过国家科委委托省科委组织的验收，1998年，该项目获江苏省科技进步二等奖。1998年7月，通州市被省科委确定为“省科技成果推广示范市”，2002年，该项目获南通市科技进步二等奖。2003年以后，全市进一步加强科技合作与交流，促使高新技术从全国科研院所、高等院校进入通州市经济领域，新型厂办研究机构——工程技术研究中心在高新技术的引进、消化、应用和再创新中发挥了重大作用。2008年，全市完成高新技术产业产值238.13亿元。2009年1—6月，实现高新技术产业产值129.68亿元。1993年、2001年、2003年、2005年和2008年，通州市先后5次被评为“全国科技工作先进县（市）”“全国科技进步先进县（市、区）。

至2009年6月，全市共有专业技术人员7.77万人，其中高级技术职称3215人，中级1.32万人，初级2.87万人，另有乡镇高级584人、中级2381人、初级9309人。享受国务院颁发的国家特殊津贴的专家8人，有突出贡献的省级中青年专家7人。共获科技进步奖685项，其中省级以上27项，南通市级253项，通州市级410项。全市有省级高新技术企业23家，省院士工作站2家、省级工程技术研究中心16家，南通市级工程技术研究中心38家。