1993年后，按照“市场机制决定、企业自主分配、职工民主参与、政府监控指导”的原则，通州市企业职工工资分配制度改革经历了4个阶段。

企业工资总额与经济效益挂钩  1993年，全市第三轮工效挂钩企业530个，职工6.66万人，占企业总数的98%，占职工总数的98.5%。对企业核定工资总额，全民企业职工年均工资3990元，集体企业职工年均工资3171元。挂钩的形式多样化，岗位技能工资制试点有所扩大。到1994年，全市有492个市属企业实行工效挂钩，其中全民企业147个，大集体企业345个。当年，共有5.7万多名职工通过考核晋级后增加工资，其中升一级的9127人，升半级的4.88万人，人均月增资8.09元。

岗位技能工资制  1994年，根据劳动部、财政部和经贸委《关于深化企业工资改革、适当解决部分企业工资问题的意见》，全市精心组织实施企业的工资改革，全面推行岗位技能工资制，工改面由1993年的15%上升到95%，全市企业职工通过工改，工资水平有较大幅度增长。

工资总量管理  1995年，进一步改进和完善工效挂钩办法，切实加强企业工资总量的宏观调控。对新成立的32个市属企业实行以计税工资为主要形式的工效挂钩，使全市企业工效挂钩面达到100%。自1995年2月14日起，推行“一结合、一分开”办法，即工效挂钩与计税工资相结合，三产（资）企业与原母体企业相分开。完善效益工资计提办法，实行分档确定浮动比例的办法，效益工资多少由经济效益高低决定。指导企业改革内部分配制度，加大活工资的比重，完善职工技能考核，做到技薪相符。调整工资结构，把职工工资外收入纳入工资管理，指导企业强化工资兑现时的劳动实绩考核，增加工资的激励功能，使职工工资与企业效益和本人劳动成果得到更紧密的结合。配合企业产权制度改革，执行企业在产权制度改革中职工工资福利量化政策总量，确保全市企业产权制度改革的顺利进行。1995年2月，通州市建立最低工资标准制度，职工正常劳动，企业每月支付职工工资不得低于210元。

法律和经济手段调节工资收入分配  1997年，贯彻实施企业工资增长指导线，并通过组织培训，重点指导、个别抽查，确保落实，形成职工工资增长正常机制。是年，年薪制试点企业达到24个。1998年，全面完成职工的增资审批手续，确保企业职工工资水平的适度增长。在实施工资指导线之前，按照企业职工技术（能）考核工资晋升办法，对持有职称任职资格证书、技术等级证书和聘书的300名职工考核，晋升半级到一级技能工资，实现技薪挂钩。1999—2000年，拟定通州市企业最低工资标准方案，确定通州市企业工资指导线，发布企业部分行业和岗位劳动力价位，审核确定企业经营者年薪。2001年，国有企业经营者收入登记面达到95%。2002年，企业工资手册使用面达到100%。2003年，完成企业经营者年薪审核工作。在确定企业工资指导线，指导企业进行内部工资调整，完成工效挂钩企业工资总额审核工作的同时，建立通州市劳动和社会保障各项指标数据库，发布2002年企业部分工种劳动力工资价位水平，为企业用工和劳动者就业提供参考依据。2004年起，继续扩大工资指导线、劳动力工资指导价位和人工成本信息指导制度实施范围，及时发布调整企业最低工资标准和小时工最低工资标准，通过全面建立、严格施行最低工资制度，为企业和劳动者确定工资水平、合理增长工资、保障双方权益提供法律依据。

2008年，企业在岗职工年平均工资2.9万元。