1993年10月，事业单位人员工资进行调整改革。其中事业单位专业技术人员工资分为专业技术职务工资和津贴两部分；管理人员工资主要由职务工资和岗位目标管理津贴组成；技术工人工资由技术等级工资和岗位津贴两部分组成；普通工人工资由等级工资和津贴两部分组成。全市共有文化、教育、卫生、水利、农业、多管、交通等系统的20553名在职人员和7850名离退休人员参加工资制度改革。是年，事业单位在岗职工年均工资3116元。

1995年10月，在对事业单位工作人员进行考核的基础上，完成工资制度改革后的第一次事业单位职务工资晋升工作，并增加离退休人员离退休费。此后，1997年、1999年、2001年、2003年和2005年先后9次提高事业单位职工工资标准、晋升职务工资，增加离退休人员离退休费。2005年，事业单位在岗职工年均工资2.34万元。

2006年7月，国家对事业单位工作人员工资制度进行改革，改革后工作人员工资实行岗位绩效工资制度，由岗位工资、薪级工资、绩效工资和津贴补贴4部分组成，其中岗位工资和薪级工资为基本工资。全市共有3万余名在职人员参加工资制度改革。

2008年，事业单位在岗职工年均工资3.68万元。