1993年，根据南通市委、市政府《关于通州市市级党政机关机构设置的批复》精神，对市委工作部门、市政府工作部门、市委和市政府直属机构、市各人民团体、各镇进行重新设置和更名。同时对市级党政群机关各有关部门内设机构进行重新确认。

1996年11月，进行市级党政机构改革，市级党政机构由原来的52个调整为40个；行政编制由原来的1184人减少为1016人，在编在职人员由原来的1284人减少为1063人，有83名机关工作人员办理提前退休、离岗退养手续。

1997年，撤销市委、市政府派出机构——9个区工委、区指导组，分流和安置在职国家干部112人，离退休干部37人。乡镇机关除金沙镇外，其余各乡镇均设置党政办公室、财经办公室、社会事务办公室、乡（镇）村建设办公室4个综合办公室和工业办公室、农业办公室2个专业办公室，各办公室主任由副乡职以上领导干部兼任。此次改革，南通市核定通州市乡镇行政编制1949人，实际分配编制1920人。

2001年，加大编制控制力度，努力为机构改革创造宽松环境。党政群机关机构编制基本冻结，达到无增设机构、无机构升格、无增加编制“三无”目标。上级核定通州市级机关行政编制824人，减少145人；核定镇机关行政编制1360人，减少454人；镇机关原有1588人减少为1210人。各镇统一设置党政办公室、财经办公室、科教文卫办公室、社会事务办公室、建设办公室等5个综合性办公室及工业与服务业发展办公室、农业办公室等2个专业性办公室。

2002年，市人大、政协、法院、检察院等单位和市妇联等部分人民团体实施机构改革，9月顺利通过南通市检查验收。调整市纺织丝绸工业公司、机械冶金电子工业公司管理体制，成立市工业企业管理办公室和市企业公有资产管理办公室，与市计划与经济委员会一体化运作。采取“保留牌子，整体划转”和“调整职能，理顺关系”的方法，将两大公司原承担的相关行业管理职能全部交市计经委，人员全部分流，资产全部划转。

2007年，通州市被省委、省政府确定为省第二批乡镇机构改革扩大试点县（市）。2008年3月，全面启动乡镇综合配套改革，各镇原有的5个综合性办公室和2个专业性办公室全部撤销，统一设置党政办公室、经济发展办公室、政法综治办公室、社会事务办公室、财经办公室5个综合性办公室，作为镇党委、政府的内部职能机构。人口超10万的金沙镇、三余镇可设置6个综合性办公室。全市各镇行政编制减至1151人。各镇党委、人大、政府领导职数一般控制在9名以内，10万人以上的金沙镇、三余镇领导职数控制在11名以内。