2000年，市委、市政府出台《通州市事业单位产权制度改革实施意见（试行）》，采取“先试点，后推开，以点带面”的办法，加快事业单位社会化、市场化、产业化进程，促进有条件的事业单位尽快成为自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展的法人实体和市场竞争主体。市基础工程公司和交通技术学校两家先行试点，各项改制工作进展顺利。市交通局党委对全系统事业单位改制工作进行全面部署和动员，推动了面上改制工作的开展。按照中共十五大关于把按劳分配与按生产要素分配相结合，允许和鼓励技术生产要素参与收益分配的精神，全面推行事业单位档案工资与实际收入相分离，搞活分配，激发活力，在全市事业单位中产生极大反响。

2001年，推进事业单位市场化改革。教育和卫生系统先行试点。当年，教育系统有三余中学、二甲中学、五窑幼儿园、五总幼儿园进行股份制改革。卫生系统所有镇卫生院、市中医院和第三、四、五、六、七、八人民医院产权制度改革基本结束。在市农业、交通、水利、机关事务等部门的下属事业单位中推行股份制、股份合作制、整体出售、租赁、租股结合等多种形式的产权制度改革。北山宾馆通过改制，实绩比上年同期上升250万元。市良种养殖场、交通工程公司等单位改制工作起步。同年，市委、市政府出台《关于精简分流全市镇机关事业单位超编及各类编外人员的实施意见》，镇全民事业站（所）分流785人，其中到龄正常退休28人，实行内退473人，自愿离职4人，自愿辞职6人，选派去村（居委会）或企业任职15人，辞退或解聘8人，离职学习并保留编制131人，在竞争上岗中落聘待岗99人，通过其他途径分流21人。另外，还清退各类编外临时人员1376人，其中学校代课教师612人，卫生院临时工222人，镇机关事业单位临时工及借用人员542人。

2003年，推进全员聘用制、竞争上岗制、多元化分配制和产权制度改革。全市原有42个部门的262个事业单位，调整保留事业机构151个，改制转企及撤销事业机构111个。人员编制由原来的2982人，精简为1811人，收回改制转企事业单位全民事业编制754人。所有事业单位负责人和中层干部全部实行竞聘上岗，原有中层以上干部385人，竞选聘任316人，平均年龄由46.2岁下降为38.2岁。

2004年，全市所有机关、事业单位实施机构编制管理手册。市建设局、建工局、农林局等部门对其下属6个生产经营型事业单位实施改制转企。市人民医院、新华书店同时完成改制。

2005年，全面启动镇事业单位机构改革工作，完成全市23个镇事业站（所）机构重组、职能调整和竞争上岗工作。各镇由原来8个站（所）统一设置为农业、企业、社会事业、建设4个服务中心，工作人员由1436人缩减至793人。

2008年，各镇农业服务中心增挂畜牧兽医站、水利站牌子，企业服务中心增挂安全生产监督所牌子，社会事业服务中心增挂计划生育服务站牌子。人员编制减为733人。

1993年，事业单位人事制度改革零星开始，1996年后逐步形成以竞争上岗、公开招聘、精简分流为主要内容。

公开招聘  1996年，市医疗保险基金管理处成立，工作人员采用公开招聘的方式录用。其后，市广电系统、市信息化办公室、市计生协会、市会计核算中心、市招商服务中心、市教育系统、市卫生系统等单位招聘工作人员皆采取公开招聘制度。1993—1998年，乡镇农经站、企管站、农保所、财政所、党校、计生指导站、建管所、能源站等事业单位经考试聘用1711人；在企事业单位优秀经营管理人员、专业技术人员和南通中青年拔尖人才中择优录用59名国家干部；有108名计划内“五大”毕业生办理录用手续。2004年起，新进人员一律实行公开招考，并明确事业单位招聘工作基本程序。至2008年末，通过公开招聘，全市事业单位共考试录用2495人。

竞争上岗  1999年，机关部分工作人员开始实施竞争上岗后，事业单位定岗定员也采取竞争上岗方法。2001年，市委组织部、市人事局印发《事业单位竞争上岗暂行办法》。2008年，市出台《关于镇事业单位工作人员新一轮竞争上岗工作实施意见》，事业单位与职工在平等自愿、协商一致的基础上，打破身份限制，通过签订聘用（劳动）合同，明确聘用单位和受聘人员与工作有关的权利和义务，实现事业单位人事管理由身份管理向岗位管理，由行政任用关系向平等协商聘用关系的转变。

精减分流人员  2001年1月，市委、市政府印发《关于精简分流全市镇机关事业单位超编及各类编外人员的实施意见》。采取内部退养、参加学习培训、落聘待岗、鼓励自谋职业或领办、创办经济实体等渠道分流人员。