1995年起，全市取消不同所有制企业内全民职工与集体职工、干部与工人、固定工与临时工的身份界限，在国有、集体、乡镇企业职工中全面推行劳动合同制度，由用人单位对各类人员按照劳动合同实行统一管理。至1996年12月，全市671个国有和市属集体企业、原五大市镇（金沙、石港、平潮、三余、二甲）镇办企业，共6.76万名固定职工以及国家机关、事业单位、人民团体中的3794名固定职工全部实行劳动合同制度；乡镇企业、三资企业、私营企业劳动合同制度的实施率达到85%以上；同时，推进集体协商和订立集体合同的试点，全市共有41个企业开展集体合同制试点工作。随着工资收入分配制度改革，劳动标准体系逐步完善，新型劳动关系基本形成。2008年1月1日，《中华人民共和国劳动合同法》施行，对劳动合同的订立、劳动合同的履行和变更、劳动合同的解除和终止作出明确规定，通州按照相关法律法规要求和劳动合同签订的监察力度，进一步规范劳动关系。至2009年6月，全市各类用人单位合同签订率90%以上。

1993年以前，国家对农民工和外来劳动力的政策由“控制流动”转变到“控制盲目流动”。1993年11月劳动部下发《关于印发再就业工程和农村劳动力跨地区流动有序化——“城乡协调就业计划”第一期工程的通知》，对农村和外来劳动力调控转为规范流动。通州针对农村劳动力流动就业的用工管理、监察、权益保障、管理服务建立相关制度，发展各种服务组织，完善信息网络和监测手段，强化区域协作和部门配合，做到输出有组织，输入有管理，流动有服务，调控有手段，应急有措施。1997年，市对用人单位（市属企业）招用农村和外地劳动力实行计划管理；流动就业采取“证、卡”合一管理制度。“证、卡”合一率达到99%。1998年，对农村和外来劳动力的宏观调控进一步加强，严格按国家和省市有关文件规定限制农村和外来劳动力使用范围，实行严格的申报审批手续，全年审批农民工175人，并对企业使用的农民工进行清理，市属集体以上企业全年共减少使用农民工982人。2000年1月，根据劳动部办公厅《关于做好农村富余劳动力流动就业工作的意见》精神，通州取消对农民进城就业的各种不合理限制，逐步实现城乡劳动力市场一体化，并推进就业、保障、户籍、教育、住房等多方面的配套改革。清理和取消针对农民跨地区就业和进城务工歧视性规定和不合理收费，明确规定除法律法规规定外，以往设立的针对农民跨地区就业和进城务工的各种行政许可和非行政许可审批事项一律取消，劳动用工由企业和劳动者双向选择、择优录用、自由流动。同时，开展跨地区劳务协作及流动就业专项监察，加大外来劳动力引进力度和外来劳动者权益保护力度，至2009年6月，全市累计引进外来劳动力18万多人次，有效缓解劳动力供应不足的矛盾，促进经济的持续发展。