1993年，通州市开始改革固定工制度，全面推行劳动合同制。明确劳动者与用人单位双方的权利和义务，保障劳动者择业自主权和用人单位的用人自主权。随着企业富余职工日益增多，劳动制度改革重点转向完善社会保障制度，促进下岗失业人员再就业。大力培育发展劳动力市场，促进就业市场化；出台系列优惠政策，鼓励和扶持失业人员到农村创业和自谋职业；建立形式多样的培训机制，提高求职者的劳动技能；为下岗失业职工开辟就业岗位，建立再就业工程基地；成立再就业服务中心，创建电脑网络管理的职业介绍所，编印《失业人员就业指导手册》，并于2004年建成全省县级市首家城乡劳动力就业服务中心。2005年出台《通州市下岗失业人员小额担保贷款实施意见》，解决失业人员创业资金上的困难。至2009年6月，全市基本形成“劳动者自主择业、市场调节就业和政府促进就业”的机制，企业改制过程中的下岗失业问题得到妥善解决，促进了社会稳定和谐。

1993年，《国家公务员暂行条例》颁布实施，逐步建立公开、平等、竞争、择优的用人机制。同年10月国家对工资制度进行改革，机关干部实行职级工资制。1996年，市党政机构改革，市级党政机构减至40个。1997年，通州市实施国家公务员制度，乡镇机构进行改革，撤销市委、市政府派出机构——9个区工委、区指导组。2000年，出台《通州市事业单位产权制度改革实施意见》，推进事业单位市场化运行。2001年，再次启动市级机关、乡镇机构改革，进一步精简分流市级机关、镇机关事业单位超编及各类编外人员。2006年，创新政府目标管理绩效考核机制，在全国县级市中率先引入计算机软件系统参与考评，考量方法更具科学性。2008年末，全市有机关事业单位工作人员1.89万人，其中3041人受到嘉奖以上奖励。