1993年后，通州市继续推行火化措施，促进殡葬改革。1997年，在市干部公墓内建成可容纳千只骨灰盒的壁廊式骨灰堂。同时开展创建“无坟乡镇”活动，清理墓葬用地，进行平坟复耕。1998年，全市有8个乡镇通过“无坟乡镇”验收。1999年，又有12个乡镇通过“无坟乡镇”验收，北兴桥镇被省民政厅评为“清理墓葬用地工作先进集体”。1996—2003年，全市共平毁坟头5.56万个，迁移坟头5.79万个，平毁经济林1533个，迁移经济林360个，复耕土地1101.6亩。

1995年起，对金沙、三余、平潮3个殡仪馆进行改建、扩建。1995年6月，总投资860多万元的金沙殡仪馆（新馆）破土动工，1997年4月投入使用。1997年10月，总投资750万元的三余殡仪馆（新馆）破土动工，1998年12月竣工。1999年5月，总投资550万元的平潮殡仪馆（新馆）破土动工，2001年8月竣工。3个殡仪馆新馆建设注重实用，布局合理，外形美观，设施齐全，并根据社会需求设置综合服务大楼，为丧户提供饮食服务。2003年，市民政局制定《关于殡仪馆财务、材料核算结报的管理规定》，同时调整殡仪馆的领导班子，改选党支部，使3个殡仪馆运营更加规范。2006年，总投资200万元的金沙殡仪馆综合楼竣工交付使用。

2000年，出台《通州市殡葬管理办法》，遵循废除土葬，实行火化，革除丧葬陋俗，提倡文明节俭办丧事和尊重少数民族丧葬习俗的原则，对火葬管理、土葬管理、公墓骨灰堂管理、丧葬用品管理、丧葬服务和殡仪管理以及相关职能部门的职责作出明确规定。

2001年，市民政、公安、工商、交通、文化等五部门联合开展殡葬执法月活动，对经营丧葬用品的商户、出租的水晶棺及丧葬服务车辆进行清理整顿，为200个商户、204口水晶棺、40辆殡仪服务车辆颁发经营许可证，全市丧葬用具用品市场逐步纳入规范化管理轨道。

2003年，市政府印发《关于对全市殡仪车辆实行统一管理的会议纪要》，对殡仪车辆集中管理提出明确要求和具体做法。2004年，市民政局联合公安局、交通局出台《关于进一步加强殡仪车辆管理暂行办法》。2005年，又对《办法》中相关条款进行修改和完善，使规定更加合理、责任更加明确、服务更加规范。是年，先锋、兴仁、石港等镇先后有4辆超过报废期限的殡仪车辆被强制报废拆解。2008年6月，出台《殡仪用车购置、管理、使用暂行办法》，就车辆购置、发包、维护等10个方面作出具体规定，使殡仪运输秩序进一步规范。