1998年8月之前，婚姻登记工作由乡镇政府负责办理。1998年9月1日，市成立婚姻登记服务所，对全市婚姻登记工作实行集中登记管理。是年，集中办理结婚登记1404对、离婚登记134对。2000年，对1500多对事实婚姻进行补登，维护婚姻法的严肃性。2002年5月，对部分镇1998年前婚姻登记档案进行执法抽查，依法撤销一对无效婚姻。2003年，市婚姻登记服务所更名为市民政局婚姻登记处，启用省民政厅统一印制的新版结婚证。是年10月1日，国务院公布实施新的《婚姻登记条例》，市民政部门及时组织婚姻登记处的工作人员学习贯彻，并搞好软、硬件设施建设，提高服务水平，做到登记流程规范化、内部管理制度化、工作队伍专业化、服务手段信息化，努力为登记者创造温馨环境。

1999—2008年，市民政局婚姻登记处连续被南通市表彰为婚姻登记先进集体。2004—2008年，相继获得南通市和省“青年文明号”“巾帼示范岗”“行风建设先进集体”“全国婚姻登记规范化建设窗口单位”和“全国婚姻登记规范化建设合格单位”等称号。