1993年，根据民政部、国家税务总局《关于加强社会福利企业年检工作的通知》，由市民政、税务部门对福利企业共同进行年检认证，对年检合格、符合减免税条件的福利企业，经税务部门批准享受有关优惠政策。是年，全市共有通过年检认证的福利企业154个（其中新办75个），安置职工5042人（其中残疾职工2304人），实现销售额2.81亿元，利税1729万元。

1994年，国家继续对福利企业实行减免税政策。市民政局抓住机遇，在清理整顿假冒福利企业的同时，大力巩固和发展福利企业。是年，全市福利企业发展到212个，有职工7072人，其中残疾职工3189人，实现销售额3.2亿元，利税2900万元。

1997年4月，市民政局召开销售收入500万元以上的福利企业厂长（经理）座谈会，研究探讨福利企业发展方向。5月，市政府召开全市福利企业生产工作会议，推广石港镇发展福利企业的经验。是年，全市有福利企业210个，职工7338人，其中残疾职工3303人，实现销售5.19亿元，利税2720万元。

1998年初，福利企业进行产权制度改革，34个福利企业因多种原因被注销资格。是年末，全市有福利企业186个，职工6085人，其中残疾职工2763人，实现销售额4.68亿元，利税2106万元。

1999年7月开始，市民政部门加大对福利企业监管力度，全市有41个福利企业被注销资格。2000年，市民政局会同国税局、地税局联合成立专门检查小组，制定清理整顿方案和验收标准，对福利企业的残疾职工占生产人员的比例、残疾职工上岗率、残疾职工安全生产保护措施等重点项目进行详细检查。10个因残疾职工比例达不到标准被取消福利企业资格，8个因残疾职工工资达不到标准、发放不及时的企业被责令限期整改，2个因账目设置不合理，检查后及时纠正。是年，市民政局被南通市民政局评为“福利企业管理工作先进单位”。

2004年，市民政部门邀请市人民医院的医生上门为16个福利企业新增的93名残疾职工进行鉴定，采取“以会代训，以训促检”的形式完成对福利企业的年检工作，逐步规范社会福利企业的办厂方向，维护残疾职工的合法权益。

2007年6月，国家民政部、财政部、税务总局和中国残联就福利企业资格认定、促进残疾人就业、税收优惠政策等颁发新的管理办法，市民政局通过新闻媒体和召开福利企业负责人会议，宣传有关政策法规，并对所有福利企业进行资格认定，核发新的“福利企业证书”。是年12月底，全市共有福利企业39个，职工总数2309人，其中残疾职工853人，实现销售额5.68亿元，利润2192万元，增值税1984万元，所得税600万元。

至2009年6月，全市有福利企业37个，职工总数2353人，其中残疾职工824人，1—6月实现销售额2.38亿元，增值税1984万元。