1998年，根据国家有关人防建设的法律、法规、方针、条例以及省政府《关于组织实施县级市人防工程建设总体规划编制工作的通知》精神，市人防办与市城乡规划建设部门互相配合，通过调查研究，搜集资料，着手起草《通州市人防工程建设总体规划》，历时6个月形成初稿。同年12月15日，通过专家评审定稿。1999年5月12日，经市政府第14次常务会议审议通过。规划坚持统筹兼顾、全面安排、因地制宜、突出重点、注重实效、量力而行的原则，将人防建设与城市建设有机结合，互为利用。规划包括通州市城市的战略地位、总体防护，人防工程总体目标、总体布局、近中期建设规划以及规划的实施步骤和措施等，确定到21世纪中叶，基本建成以人员掩蔽工程为重点、人防工程种类齐全、功能配套完整的城市防护体系。

1993年起，通州市根据人防建设要紧紧围绕战备效益、社会效益、经济效益的要求，将城市建设与人防工程建设紧密结合。1995年，市中医院动工兴建第二病房大楼，设计建设了病房地下室。1999年，市人民医院建成16层的病房大楼，其防空地下室部分作为药房仓库使用。2000年，在金沙镇新金东路建成通州市第一个自建式人防工程，建筑面积2296平方米，其中地下部分1100平方米，地上部分对外出租，当年即实现平战结合经济效益10余万元。位于通州经济开发区的市地税局综合办公楼结建式人防工程1500平方米，也于当年6月建成。同年，金沙镇佳乐花苑小区人防工程竣工验收，这是市内首座小区自建式人防工程，平时作为地下停车场使用。

至2009年6月底，全市建成人防工程9万多平方米，居南通六县（市）之首。自建式人防工程实现平战结合创造经济效益100多万元，并安排近千人次就业。

1995年后，市人防办把通信建设列为人防建设的重点之一，各项通信设施逐步得到完善和加强。1998年8月31日，市政府第7次常务会议审议并出台《通州市城市防空音响警报网建设规划》，当年安装电动警报器3台，是全市最早的防空警报设施。2004年，开始安装覆盖范围更广、警报报知能力更强的电声警报器，全市共设置9台电动警报器和3台电声警报器。

1999年7月24日，市政府第16次常务会议审议通过并出台《通州市试鸣防空警报实施办法》，规定每年的8月1日为防空警报试鸣日，当年8月1日，通州市历史上首次防空警报试鸣。2004年，采用GPRS智能远程警报集中控制系统，实行统一鸣放，增强防空警报试鸣能力。至2009年6月，全市共有14个固定警报点和10个移动警报点，城区防空警报音响覆盖率100%。