市人武部和驻通州武警部队在市委、市政府领导下，及时主动地应对各种危难险重事件，认真制定抗洪、抢险、救灾以及处置突发事件的预案，并组织民兵应急分队进行演练，确保“召之即来，来之能战，战之能胜”。

1997年8月20日，为抗御11号强台风袭击，市人武部于当天清晨紧急集合300多名基干民兵，赶到南部沿江险段，抢修江堤，保证堤防安全。

1998年3月19日，市内普降暴雪，积雪深达18厘米，陆路交通受阻，南通机场被迫停航。市人武部按照市委、市政府紧急会议精神，立即通知各基层人武部组织民兵预备役人员积极投入抗雪灾工作。市人武部还派专人赶赴南通机场，组织1200多名民兵奋战3个小时，将机场积雪清扫干净，确保及时复航。是年7—8月，受长江特大洪水影响，通州市沿江水位猛涨，大汛期长达49天，多次超过警戒水位。市人武部按照市委的紧急部署，组织专武干部带领基干民兵抢险专业队，在沿江值勤守卫，坚持24小时值班。

2001年5月中旬，市内部分地方遭受台风袭击，市人武部组织三余、海晏等受灾镇民兵6000多人投入抗灾自救，共救护群众100多人，保护农作物2600多亩。

2005年5—6月，通州市遭遇严重干旱，连续50多天炎热少雨，内河河水大部分枯竭。市人武部集中1000余名民兵预备役人员组成突击队奔赴农村，为农户安装、修理抽水机、潜水泵1160多台（套），疏通河道36公里，清除坝头坝埂、河道内的废弃网具、沉埋的破旧水泥船等行水障碍物60余处，解决数十万亩农田灌溉用水问题。

2008年1月26—29日，全市普降暴雪，积雪最大深度24厘米。市人武部组织民兵、预备役人员和驻军官兵，突击清扫路面积雪，确保道路畅通，及时疏散居住在危房内的群众，帮助维修受损房屋。当年5月12日，汶川地震发生后，市人武部在发动驻军部队和广大民兵预备役人员踊跃向灾区捐款捐物的同时，协调市民政部门和有关镇政府慰问参与抗震救灾的41名通州籍官兵家庭，先后组织500多人次为参与抗震救灾的通州籍官兵家庭助耕助种。