1996年4月，市人武部回归军队建制后，切实加强国防后勤建设，从人力、物力、财力等方面，做好军事斗争准备和各项应急作战专业勤务，确保战备后勤保障工作落到实处。市人武部还组织专门力量，搜集整理各种战备资料，包括区域内的兵要地志资料，以及战时可能动员起来用于战争的人力、物力、财力等国防动员后勤信息资料，共归纳75万个数据录入微机，实施自动化管理，为战时兵员和物资动员提供可靠依据。

2002年，市人武部按照国务院、中央军委推进后勤保障社会化有关问题通知精神，进行后勤保障社会化改革，实现后勤管理职能与服务职能有效分离，后勤保障与管理办法由军地联合型向社会保障型转变。通过后勤保障社会化改革，所有军需物资采购，统一委托市政府采购中心办理；工程建设和营房维修面向社会招标；环保绿化、卫生保洁由物业管理公司承包；水电管理委托市工程公司处理。职工实行劳动合同制，明确岗位职责，工资津贴按工作实绩考评。同时，还建立和健全职工管理、车辆管理等各项规章制度，从而使后勤保障由自我封闭、小而全、部队办转变为开放式、社会办后勤的模式，走出了一条投入较少、效益较高的保障新路子，有利于减人增效和部队稳定，更好地履行军事职能，提高后勤保障质量和效益。

2003年—2009年6月，市人武部多次参与地方有关部门研制交通建设规划，协助地方拟定战时交通保障方案，并组织演练，确保交通建设与交通战备紧密结合。

1993年后，市人武部多次编制和修订兵员动员计划，按照各批动员所需的干部和各类兵员数量，对复退技术兵、民兵专业分队的培训，战时扩编部队所需武器装备的储备，预编部队的集合方法、集结地点、行军路线、运输计划和后勤保障等，做到项项落实，一旦遇有战事，就能按预案付诸实施。

每年度的民兵整组工作中，除切实抓好民兵思想政治教育、编组和干部配备外，还着力抓好应急分队和对口专业分队建设。至2009年6月，全市共建立3个应急连、16个独立应急排和10个专业分队。在民兵军事训练中，着眼战时任务要求，突出民兵应急分队基础技术和战术训练。为提高应急分队快速反应能力和紧急情况处置能力，每个应急分队都制订预案，根据预案适时组织演练，并定期进行修订，使预案更切合实际。2008年，结合民兵整组，专门组建一支由60名民兵组成的人防专业应急分队，并进行为期半个月的消防救援专业训练，在参加南通军分区组织的民兵防火救援分队表演中受到通报表彰。

1993年起，市红十字会开展行业性卫生救护培训，到2008年末，共培训机动车驾驶员1.86万人次，校医、保健教师130多人次。对红十字会救护点的救护人员进行专业培训，并配有16只救护专用急救药箱、51套急救器材。在中学生中进行止血、包扎、骨折固定、搬运四项急救技术培训。在境内的204国道和宁通一级公路、203和325省道沿线，以医疗单位为依托，建立11个有醒目救护标志牌的红十字会救护点，每个救护点都有一支专业急救队伍。2000年—2009年6月，全市公路红十字会救护点共抢救伤员2862人，绝大多数伤员得到及时救治。

1998—2000年，市卫生系统共投入资金7724万元，加强基础设施建设和引进医疗设备。1999年，建立全市“120”急救系统，由36名医生、100多名护士和4名驾驶员参加排班救护，实行24小时值班制。确保接到“120”急救电话，5分钟内出车，车上有医生、护士，配有氧气、急救药械、担架等，能及时进行入院前的现场急救及入院后的一系列的救护。

据1999年—2009年6月不完全统计，“120”急救系统共出车2.26万次，接诊伤病员1.23万人次，对其中的重危病员进行现场抢救，总计病情好转1.13万人次，抢救成功率92%。全市建成较为完善的医疗救护网络，平时救死扶伤，战时能上前线救护伤病员。