1993年，为保障民兵武器安全，在武器仓库安装脉冲电压电网、闭路电视监视系统、热释电红外线报警电视监控系统。1994年起，先后撤销三余、东余、恒兴、海晏兵器室，武器弹药上缴市人武部武器仓库集中统一管理。1997年4月，省军区在通州举办全省民兵武器仓库主任集训班，向全省推广通州市人武部民兵武器仓库集中统一管理的做法和经验。为加强武器库看管人员的教育和仓库管理制度建设，当年5月，市人武部集中机关干部、职工及兵器库看管人员进行为期一周的教育、整顿和培训，同时建立坐岗和夜间值班巡逻制度。1998年，对武器管理的所有软件资料进行全面整理，将91种资料内容合并压缩成34种。当年，通州市的民兵武器装备仓库被省军区评为先进民兵武器装备仓库。1999年，投资3万元，完善武器仓库配套设施，确保兵器库做到“四有五不”：有牢固的兵器室、枪橱架、专人保管、管理制度；上面爬不下来，下面冒不上来、墙外钻不进来、门窗撬不开来、放火烧不起来，进一步提高仓库的防盗、防抢、防火能力。2000年，进一步健全值班、登记、双人双锁、安全管理、门卫检查、学习考勤、消防应急、交接班、请销假和职工教育等制度。在兵器库安装电话百家联网报警系统和手摇报警喇叭，技术区内设置消防栓、消防亭和消防水池与砂池并添置灭火器、消防水带及各类消防器材。2001年4月，通州市民兵武器装备仓库被南京军区评为先进单位。2004—2005年，对库区的警报系统进行全面调试、修缮和保养。2008年3月，民兵武器装备仓库安装指纹门禁、巡更系统和温湿度自动监控系统。市民兵武器仓库自1955年建库起至2009年6月，实现连续54年安全无事故。