1993年起，市人武部按照《民兵工作条例》的有关规定，抓好民兵整组工作，利用每年生产相对比较空闲的时间，进行民兵组织整顿，每次历时20天左右，突出抓好一两个重点课题。1997年，重点抓好民兵高科技分队、民兵应急分队和民兵干部队伍建设，对全市民兵的建制、装备进行调整、配备，并在卫生、交通、邮电、机械、冶金等行业，利用已有的技术装备和专业技术人员，分别组建市民兵卫生排、交通运输排、通信排、军械修理排，进一步提高民兵队伍的军事技术含量。2002年，注意搞好基层人武部软硬件建设，选好配齐民兵干部，着重对新加入的民兵按入伍新兵条件进行政审，同时开展民兵应急分队拉动演练。2003年，重点加强民兵编组、干部配备和应急分队、对口专业分队建设，当年全市共建成14个专业分队，其中5个镇建立工兵分队、2个镇建立侦察分队、1个镇建立通信分队、3个镇建立高机分队、3个镇建立防化分队。2004年，针对民营企业迅速发展的新形势，注重在民营企业中发展民兵组织，并摸索出一条在民营企业中建设民兵组织的经验。2008年的民兵组织建设，按照有利于组织领导、提高质量、执行任务的原则，将全市8200名基干民兵编组整合成为作战队伍、勤务保障队伍、应急队伍和机动队伍等4大类22支民兵分队。当年5月，还在中国南通家纺城专门组建民兵消防分队和民兵应急分队，为市场经济发展保驾护航。

在历年的民兵整组工作中，始终坚持压缩规模、合理布局、优化结构、提高质量、精干队伍的方针，通过整组，全市民兵组织的各项制度不断完善，整体素质全面提高，集合点验行动迅速，到点率高。2001年，刘桥镇代表通州市接受南通市民兵整组检查验收，南通军分区及所属八县（市、区）人武部首长共同对刘桥镇凤仙村民兵基干排进行点验后，一致认为已经达到召之即来、来之能战的要求。2004年，五甲镇、北兴桥镇的民兵应急分队被南通军分区临时确定抽查点验，接受点验的民兵在10分钟内全部冒雨赶到集合地点，充分体现了快速动员能力。当年，十总镇和市交通局、通州四建公司的民兵整组工作顺利通过省军区验收。2005年8月，在省军区组织的民兵“三支队伍”点验中，通州市的到点率、对口率、退伍军人的比例均达到规定要求。2008年5月，为检验整组质量，集中3天时间，对全市基干民兵进行逐人点验，到点率达98.1%，专业对口率为89.7%，退伍军人占比为53.3%，完全符合上级规定要求。