1993年2月，中国人民武装警察部队南通县中队更名为武警通州市中队，为正连级建制，接受武警南通市支队和通州市委、市政府及市公安局领导。主要担负市看守所看守勤务，实施对看守所内外的武装警戒、武装押解、维护社会治安以及处置突发性事件等重大任务。此外，还协助地方进行民兵军事训练，帮助机关、学校实施军训，开展警民共建活动。2001年，通州市中队被武警南通市支队评为“三共”（共建、共管、共保安全）活动先进集体。1993—2008年，被江苏武警总队多次评为基层先进中队，连续4年被评为标兵中队，中队党支部两次被评为基层优秀党支部。官兵中有19人立功，38人次受奖。中队领导来长春、郑连年、陈建烽、束苏兴等先后多次被评为优秀带兵干部。

1993年后，市武警中队坚持贯彻中共中央、中央军委质量建队和依法治警方针，严格按照武警总部提出的“扎扎实实打基础，聚精会神抓落实，全面建设谋发展”的要求，把军事训练列为中队建设的重要课题。2002年，修建训练大棚（约100平方米）专供军事技能训练用，修建健身房专供体能训练用，进一步提高军事训练质量，推动各项执勤任务的完成。

武警中队坚持按纲施训、依法治训、正规施训、科技强训的原则，不断提高军事训练水平。特别是2001年新颁布的《军事训练大纲与考核大纲》实施后，中队从难、从严、从实战出发，不断创新训练方法，强化训练管理。每年对军事技能训练、体能训练，包括训练项目、时间、要求、标准，都制定具体实施计划，按月、按季度对照要求和标准逐项进行考核。2006年后，市武警中队针对世界恐怖势力猖獗蔓延的态势，牢固树立居安思危的忧患意识，从兵力部署、力量使用、组织指挥、装备器材和保障措施等方面做好充分准备，确保一旦发生突发事件，能快速反应，高效处置，及时发挥武警部队反恐主力军作用。

1993年后，武警中队与市公安局和市看守所紧密配合，具体研究制订执勤项目和突发事件处置行动预案，坚持依法执勤，严密看守，做到人员、物资、装备始终处于临战状态，随时可以“拉得出，打得响，联得上”。2003年8月1日，市看守所一在押犯预谋越狱逃跑，中队接到报警后，按照预定方案迅速出动警力实施围捕，在逃犯企图越过监墙逃跑的瞬间，当场将其制伏生擒。2008年1月下旬，通州市遭遇暴雪，中队官兵主动投入市区的抗雪救灾，与地方干部群众共同努力，及时清扫市区主要道路的积雪，确保交通畅通，方便群众的日常生活和工作，受到市委、市政府的表扬。

至2008年，武警中队先后出动警力600余人次，配合公安机关圆满完成罪犯缉拿、追逃、押解等各项任务。