武警通州市边防大队的前身是南通县公安局边防股，成员为现役军人，列入中国人民武装警察部队序列，正营级建制。1993年撤县设市后，县公安局边防股改称为市武警边防大队，亦称市公安边防大队，两块牌子一套班子。2001年8月，市公安边防大队由正营级升格为副团级建制，配备大队长、政委各1人，接受南通市边防支队和通州市委、市政府以及市公安局的领导。公安边防大队除履行公安机关职能外，主要担负通州、海门两市的反走私、反偷渡和沿海边防工作区及海上的边防执勤、治安防范等任务，并负责对前往深圳、珠海等边境地区人员的通行证签发工作。

2000年起，市公安边防大队新开港边防派出所被公安部先后两次评为“全国优秀公安基层单位”、连续4年被公安部命名为“全国一级公安派出所”；被公安部边防局多次评为“基层建设标兵单位”，记集体三等功5次；被江苏边防总队评为“爱民固边十佳标兵单位”“基层建设标兵单位”“基层执法示范单位”。遥望港、东灶港边防派出所分别被省边防总队评定为二级和三级派出所，同时也都被所在地政府确定为“双拥工作示范点”，或被授予“拥政爱民模范单位”称号。

市公安边防大队注重加强规范化建设。1994年、1995年，遥望港、新开港边防派出所的双拥楼先后建成，江苏省军区司令员郑炳清分别为两所题写楼名。

2000年，市公安边防大队按照公安部边防局和省边防总队的要求，在通州市委、市政府的支持下，多方筹资100万元，坚持高标准、高质量地实施省边防总队下达的规范化建设试点工作。经过一年多的奋战，建成宽敞的花园式办公营院。2002年5月，省边防总队在通州市召开规范化建设现场会，推广市边防大队规范化建设的经验。与此同时，边防大队注意抓好内部规范化管理，加强政治、理论、素质教育，严格日常管理，在宗旨意识、执法质量、工作质效、廉政建设等方面实行按月讲评和问责制度；并采取大队成员对基层单位包干帮带的办法，所属新开港、遥望港、东灶港3个边防派出所都于2002年成为规范化管理达标单位，其中新开港边防派出所被公安部边防局评为规范化建设达标单位。针对广大官兵战斗在海防前沿、远离城区、条件艰苦、文化生活贫乏的情况，大队运用新开港边防派出所这个全国典型示范，引导官兵牢固树立爱岗敬业、奉献边防，执法为民、服务社会的思想。

2008年7月，市政府加大从优待警力度，划拨给大队宿舍楼建设用地，解决官兵住房困难，营造拴心留人的警营环境。同时，先后投入26万元，为各单位配置电脑，开通大队至基层所局域网和公安局内部专线，完成基层所至大队、支队三级联网，推进办公现代化，达到信息共享，资源共享，提高警务效率。

边防大队官兵驻守在海防前沿，与驻地民兵组建海保治安联防队，实行警民联防，打击各类违法犯罪活动。

2005年6月24日，新开港边防派出所接到群众举报，渔民村的一船主擅自用渔船将10余名非出海人员载运出海。为维护边防治安秩序，立即派出警员将该船追回，对船主和非出海人员的违法行为进行严肃的法纪教育，并根据《沿海船舶边防治安管理规定》第二十七条第四款的规定，对船主进行罚款。

2005年8月14日，海晏镇一些滩涂养殖户养殖的青蛤大面积被盗。遥望港边防派出所接警后随即派员查看现场，分析判断是一起团伙盗抢案，邻近地区也屡次发生过类似案件，随即作出周密部署，加强海保联防队巡查力度，进行踩点设卡守候。9月27日深夜23时许，查获一辆销赃青蛤的运输卡车，同时抓获3名嫌犯。通过进一步侦查，破获一个来自毗邻地区由28人组成的盗抢团伙。该团伙在通、如、海、启4县市的滩涂盗抢贝类资源，先后作案10余次，案值近60万元。

2008年1月，遥望港边防派出所侦破海丰村一起盗羊案，抓获3名犯罪嫌疑人。

2009年春，新开港边防派出所成功破获一起缅甸籍妇女非法入境案，将犯罪嫌疑人移送市公安局拘留审查。

1993年—2009年6月，边防大队共破获各类案件293起，打击违法犯罪人员548人，处理纠纷1127起。

2007年，公安部边防局通过新华网、中国平安网和《人民公安报》《边防警察报》开展群众工作标兵评选，新开港边防派出所所长周东生共获得网上选票90余万张，当选全国公安边防部队群众工作标兵，赴北京出席表彰大会，受到中央领导人的接见。