1993年，全市49个乡镇设有人武部。经过几次行政区划调整，到2009年6月，全市19个镇均设有人武部。通州经济开发区从2001年开始设人民武装部。各镇人武部机构均为单设，属副乡级单位，受同级党委和上级军事部门双重领导。配备的专职武装干部有部长1人，副部长或干事1～2人。镇人武干部的选配，由市人武部与所在单位领导在酝酿考察的基础上协商提名，经市委审定后，再由市人武部以部长、政委名义任命。

镇人武部负责民兵、预备役组织的建立和健全，搞好以增强国防建设为主要内容的民兵政治教育和军事训练，储备后备兵员，为确保战时的兵员输送、支援前线、保卫后方、坚持敌后斗争作准备。

1992年，南通县纺织厂、丝绸厂、八一印染厂、兴仁纺织厂、南通农场、南通盐场等单位设有人民武装部。1993年后，随着企业改制和机构调整，机关、企事业单位人武部也不断调整。这些人武部在同级党政领导和市人武部领导下，负责搞好各自单位的民兵、预备役建设，组织民兵参加社会主义精神文明和物质文明建设，担负战备执勤和协同维护社会治安等任务。2009年6月，全市共有42个机关、学校、企事业单位设立人武部。