1993年2月，南通县人民武装部改称通州市人民武装部。人员属地方编制，实行军队和地方双重领导，市委书记兼任市人武部党委书记。1996年4月，人武部收归军队建制。市委书记兼任市人武部党委第一书记。

市人武部为正团级建制，设部长、政委、副部长各1人，下设军事科、政工科、后勤科。人武部主要负责辖区内的民兵和兵役工作，包括民兵组织建设和武器装备的管理，民兵、预备役人员军事训练和政治教育，带领民兵搞好战备执勤，做好兵员征集，制定域内战时动员计划，实施兵员动员和带领民兵参军参战、支援前线、保卫后方等项任务，并做好专武干部的教育培养、选拔调配、考核管理工作。

1993年后，市人武部坚持依法从严治军，切实抓好常态下军事斗争准备，不断强化军事意识和职能意识，努力建设现代化、正规化的革命军队。特别是注重干部队伍建设，在面对高科技局部战争和社会主义市场经济的新形势下，不断提高人武干部应该具备的政治、业务、军事等基本素质。1996年5月，江苏省军区在通州市召开正规化建设现场会，推广通州市人武部正规化建设的经验。

2007年7月，位于金沙镇新通掘公路以东占地面积12.2公顷的通州市军事指挥中心综合大楼建成交付使用。该中心可进行作战指挥、国防动员、军事训练和日常办公，军事指挥工作效能得到提高。