1993年11月，市属企事业单位11个主管部门先后配备兼职司法助理员。南通丝绸印染厂调委会被省司法厅评为“企业先进调解委员会”，市锦益有限公司调委会获司法部授予的“模范人民调解委员会”称号。

1994年12月，市司法局组织民间纠纷集中排查调处活动，重点对较长时间调处未果、影响农村经济发展、影响干群关系、易激化的民间纠纷进行排查和处理。至1996年末，全市有459个百人以上企事业单位建立人民调解组织，其中80%的调委会通过达标验收。1997年，11个市属企事业主管部门重新聘任15名兼职司法助理员，进一步加强企事业单位的民调工作。组织开展以“迎回归、保稳定、促经济”为主题的民间纠纷专项治理活动，这一做法被省政法委在全省推广。为规范民间纠纷调解的程序和方法，市司法局在五甲乡召开民间纠纷调解现场观摩会，从受案登记、调解准备、实施调解、制作调解协议书到调解协议的履行等，按程序逐一进行演示，帮助民调工作者提高业务水平。1998年12月，市成立由政法委、司法局、公安局等14个部门组成的重大疑难纠纷调解指导中心，乡镇建立由分管领导挂帅，司法、公安等部门参加的重大疑难纠纷调处中心。1999年，全市939个村居和363个企业调委会开展建设标准化调委会活动，各乡镇结合换届选举，对民调干部和调委会成员调整充实。市司法局举办民调人员培训班73期，培训3480人次，并且开展民调工作创“四无”（无因民间纠纷引起的刑事案件、无群体性上访、无械斗事件、无非正常死亡）活动，这一做法被指定在全省民调工作会议上介绍。2001年4月，各镇重大疑难纠纷调处中心更名为司法调解中心，16个镇建立司法调解庭，村级人民调解工作普遍做到“四个有、八统一”，即：有办公室、办公桌、档案柜、专用电话机；统一挂牌、统一标志、统一印章、统一制度、统一证件、统一姓名牌、统一工作台账、统一笔记本。2002年4月，在全市开展以化解村级债务为主题的矛盾纠纷排查调处活动中，共排查出村级债权纠纷971起，帮助化解村级债权1344.3万元，化解村级债务1639.1万元。2003年4月，张芝山镇被南通市定为大调解机制首批试点单位。随后各镇相继建立由党政领导牵头、综治办协调、司法为主、各部门齐抓共管的社会矛盾纠纷调处中心。2004年4月24日，全省社会矛盾纠纷调解工作会议在南通召开，与会人员到张芝山镇、姜灶镇社会矛盾纠纷调处中心参观。通州市建立调处机制的做法，中央电视台先后三次进行专题报道，省内外有55批3741人次到通州参观学习。至2005年，全市共建立各类调委会554个，其中镇级调委会23个，村（社区）调委会428个，企业调委会73个，行业调委会1个，联合调委会3个，集贸市场调委会26个。有调解小组9006个，调解信息员2.25万余人，专兼职调解员2573人。2007年4月，市司法局制定《首席调解员评定标准》，首批聘任20名首席调解员。与市综治办、市法院、市社会矛盾纠纷调处中心联合出台《建立诉调对接工作站的实施方案》，在全市四个基层法庭建立诉调对接基层工作站，形成矛盾纠纷调解工作的合力。2008年，在巩固完善“诉调对接”“检调对接”“公调对接”机制的基础上，拓展大调解与卫生、环保、劳保等部门的工作对接，建立“三站一中心”，即：市拆迁纠纷调处站、市环保纠纷调处站、市劳资纠纷调处站、市医患纠纷调处中心，中央政法委检查组对此给予肯定。各镇调处中心共配备专职调解员47人，平均每镇2人以上；各村和社区居委会均建立标准化调委会，调解室建成率100%。

1993年—2009年6月，全市各级调解组织共调处各类矛盾纠纷11.76万件，调解率和调解成功率分别为98.8%和96.9%，防止民转刑案件662件1040人，制止群体性上访423起6922人。

1993年，市成立刑释解教人员安置帮教领导小组及办公室，对刑释解教人员安置帮教和重新犯罪情况进行调查摸底，登记造册，建立档案。观音山镇海洪村毛巾厂、新联镇建筑工程公司先后建立安置帮教基地，安置所属乡镇刑释解教人员。1997年，市司法局增设安置帮教科;各乡镇也先后成立刑释解教人员安置帮教工作领导小组，建立以司法助理员兼任站长的安置帮教工作站;各村、居建立安置帮教组，全市安置帮教工作网络基本形成。1999年，安置帮教工作列入全市社会治安综合治理目标考核，实行“一票否决”，并出台《通州市关于加强刑满释放解除劳教人员安置帮教工作的实施意见》。市安置帮教领导小组成员还到南通监狱看望113名通州籍服刑人员，把帮教工作做进大墙内。市帮教办公室与市看守所共同建立衔接管理制度，对刑满释放、解除劳教人员回归后不漏管，不失控。2001年，配合严打整治斗争，分别走访741名刑释解教人员，摸清情况，掌握重点，加强管理控制。2002年，在骑岸镇通州宏泰塑料化工有限公司挂牌成立南通市刑释解教人员安置基地，首批安置6名刑释解教人员。2003年3月，全市各镇司法所与公安派出所联合开展走访帮教活动，重点查清未到公安落户、下落不明和有可能重新犯罪等“三类人员”的情况。各镇安置帮教工作站按照一人一档要求建立“三类人员”档案，坚持两月一次例会制度，互通信息。2004年5月，南通市在通州召开刑释解教人员安置帮教工作暨建立安置基地现场会，通州市司法局、地税局分别作经验介绍。市地税局荣获“全国刑释解教人员安置帮教工作先进集体”称号。2005年6月，市安置帮教领导小组组织有关部门人员到省第一少管所开展延伸帮教活动，对通州籍少年犯进行面对面法制教育和帮教谈心。2006年2月，开展为期一个月的刑释解教人员走访排查活动，重点对“三无”（无身份证、无暂居证、无用工证明）外来人员、有重新违法犯罪倾向以及未成年的刑释解教人员进行走访帮教，并对“三无”人员进行安置，帮助解决实际困难。此后，每季度都安排一次走访工作，了解帮教人员的思想动态、工作和生活状况，做到“六清”（人员底数清、基本情况清、思想动态清、生活来源清、去向情况清、现实表现清）。2008年5月，在南通精华模具有限公司（骑岸镇）成立南通地区规模最大、集教育技能培训、社区矫正、公益劳动、过渡安置为一体的综合性帮教基地，首批安置刑释人员6人。

1993年—2009年6月，全市共有刑释解教回归人员2006人，帮教率100%，安置率96.5%，重新犯罪率3%。

2005年4月，市成立社区矫正工作领导小组，制定《通州市社区矫正工作方案》。6月，市政法委、公、检、法、司联合组成2个工作组，对各镇的社区矫正对象进行逐人交接，共交接社区矫正对象442人，交接率87%。市统一印制社区矫正对象管理证，对矫正对象接受矫正、自我改造情况进行考核和登记。同时，将社区矫正对象纳入信息管理系统，加强跟踪管理。2006年5月，出台《关于全市建立社区专业社工服务中心的意见》，全市23个镇、1个经济开发区均建立社区专业社工服务中心，选聘专业社工62人，村、居（社区）专职社工428人，志愿者2532人，有效缓解基层警力不足问题。当年，以未成年犯罪嫌疑人为主要对象，开展审前评估工作，共进行审前评估5例。在西亭镇、三余镇进行社区矫正工作示范区建设试点，并在全省社区矫正工作研讨会上作交流。

2007年，确定社区专业社工中心建设规模，5万人以上和5万人以下镇分别配3名、2名专业社工，村、社区设立社工工作站，吸收社区工作志愿者为成员，制定工作规程，以加强社区矫正管理工作为重点，开展“关爱心灵、共享阳光”心理咨询志愿服务活动，实施核纠监外执行犯罪脱管漏管专项行动，实行一人一档、一人一案、一人一帮和“三色分类管理”法。在张芝山镇试点建立社区矫正移动定位管理系统，为23名社区矫正对象配上移动机，随时了解矫正对象的活动情况，加强动态管理和实施严密监控，这一做法两次在省社区矫正工作会议上交流。当年，社区矫正移动定位管理平台软件在全市20个镇（开发区）试运行。社区矫正对象再犯罪率为0.4%，刑释解教人员当年重新犯罪率为零。

2007年，张芝山镇率先使用省社区矫正移动定位管理平台，对社区服刑人员进行实时监控。2008年，通州市被定为全省开展风险评估工作试点县（市、区），先后对118名社区服刑人员进行风险评估，为准确确定监管等级提供科学依据。11月，全省社区矫正风险评估工作现场会在通州召开，推广通州开展风险评估试点工作的经验和做法。

2005—2008年，全市依法判处缓刑、假释、监外执行、管制、剥夺政治权利5类矫正对象481人，再犯罪率为零。