1993年，市成立依法治理工作领导小组和办公室，各乡（镇）也相继成立依法治理工作领导小组。1999年，市、乡（镇）两级依法治理工作领导小组进行充实调整，领导小组多数由党委主要领导担任组长，分管领导担任副组长，依法治理工作逐步推开。2002年12月12日，在市委召开的九届四次全体（扩大）会议上，提出建设法治通州的奋斗目标。市司法局与团市委联合在市民广场举办“打造法治通州”万人签名活动，与通州日报社联合举办“打造法治通州”有奖征文活动，征集各类作品24篇。2003年9月和2004年9月，先后召开建设法治通州动员大会和法治通州建设暨平安创建工作推进会，地方、行业、基层依法治理“三大工程”不断推向深入。

地方依法治理以依法治乡（镇）、依法治村等为重点。1993年9月26日，召开全市依法治村、民主管理经验交流会，川港镇志浩村等5个典型单位作介绍。1995年，西亭镇亭东村等90个村被市委、市政府表彰为“依法治村民主管理优秀村”。1997年，全市886个行政村全部进行依法治村、民主管理，其中合格村达90%以上。2000年，全市26个乡镇，882个行政村全部实行政务公开，其中设有固定政务公开栏的有823个村，占93.3%。2001年，镇、村行政区划调整后，全市23个镇、376个村和64个居委会全部实行村（居）务公开，村账镇记。

行业依法治理以依法治校、依法治厂、依法行政等为重点。1993年12月，在金沙中学召开依法治校现场会，各中心初中、完中及教育局直属学校的领导、市直有关部门负责人共80余人出席会议，依法治校在各类学校中全面展开。1996年，南通丝绸印染厂等30个企业被市委、市政府表彰为“依法治厂优秀企业”，江苏志新集团等3个企业被南通市依法治市领导小组评为依法治厂“双十佳”企业。为全面推动依法治厂，市司法局组织“依法治厂双十佳”和“依法行政十佳”单位的评选活动，全市大中型企业和乡镇企业、“三资”企业依法治厂的展开面分别达到90%和70%以上。1999年，在全市推行行政执法责任制、错案责任追究制，实行政务、检务、审务公开。2001年，市政府成立行政审批中心，清理行政审批项目，规范行政审批行为。

基层依法治理以创建“民主法治示范村”为主体。2002年，通州市率先在全国开展创建“民主法治示范村”活动，主要是实行村务公开、财务公开，充分发挥村民大会和村民理财小组的作用，从为民作主变为由民作主。通州市创建民主治村经验，得到省、市领导肯定，兄弟省市有关部门多次到通州观摩和交流。2007年，通州市被司法部确定为全国普法依法治理示范联系点。2008年7月，通州市创建民主法治村的做法在全国普法依法治理工作会议上作介绍。至2009年6月，全市民主法治村（社区）达标率为100%，其中有国家级民主法治村1个，省级民主法治村（社区）18个，南通市级民主法治村（社区）60个。