1995年9月，根据省高级人民法院指示，市人民法院成立司法警察队。1997年8月，司法警察队改为司法警察大队。

1995—2008年，市法院法警大队共参加刑事值庭6860人次，提押被告人4230人次；并参与民事、经济纠纷等案件中涉及重大疑难复杂案件庭审活动的值庭，确保审判活动顺利进行。先后参与各类案件的执行1.46万人次。其中，参与民事案件执行340人次，参与经济纠纷案件（商事案件）的执行970人次，参与行政案件执行280人次，参与告诉申诉案件执行45人次，参与执行庭（局）执行1.29万人次。在打击严重刑事犯罪分子活动中，先后参与南通市中级人民法院组织的执行280人次。2007年5月，在办理市人大督办的马某某抚育一案中，法警大队派员去南京，在执行中妥善处理当事人割腕的突发事件，成功将标的执行到位。

2002年4月，市法院法警大队被最高人民法院授予“人民满意的法警队”称号。