1990年8月，县法院配备一名专职法医。1992年9月，法医鉴定工作正式开始，至2002年，共办理鉴定案件1236件，其中活体检验1121件，尸体检验151件，为相关案件定案提供科学依据。

2004年4月，市法院组建司法鉴定中心，抽调3名干警对司法鉴定进行归口管理，负责法医、文检、会计、审计、评估、拍卖、药品和产品质量、建筑工程质量、文物珠宝、农药种子质量、声像资料及其他各类诉讼证据技术鉴定的对外委托。制定《通州市人民法院对外委托鉴定、拍卖实施细则（试行）》等一系列对外委托鉴定管理规章制度，此举受到省高级法院的肯定。

2005年10月1日起，根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》，市法院不再进行自主鉴定业务，涉诉司法鉴定工作统一实行对外委托鉴定。2007年，采取公开摇号的方式确定企业破产管理人，书面通知所有被列入南通市企业破产案件管理人名册的单位，同时邀请纪检监察室全程参与，最大限度保护各方当事人的合法权益。至2008年末，对外委托鉴定、拍卖案件2112件，法医咨询审核案件1213件，参与南通市医学会医疗事故鉴定89件。