1993年—1999年5月，市人民法院的审判、立案工作未完全分立，各基层人民法庭可径行立案，院本部统一由告诉申诉审判庭负责立案。1999年6月，撤销告诉申诉审判庭，另设立案庭，健全立案和审判分立、审判和审判监督分立的制度。2004年，市法院和基层人民法庭实现电脑联网，院计算机网络中心定期对人民法庭的网络硬件和应用软件进行管理和升级；人民法庭已全面建立网络立案机制，在受理诉状后，通过局域网将立案信息发送立案庭，由立案庭统一审查立案，减少了当事人诉累。

1993年起，市法院在接待来信来访时，广泛听取群众对法院工作的批评建议，答复公民的法律咨询，对来访者进行法制宣传，及时分转来信来访。对来访中有关简易诉讼，如赡养、抚育、扶养纠纷等，尽量在接待中予以调解解决。对疑难复杂案件或易激化纠纷，做好缓解疏导工作，立案转交处理或主动配合乡、镇及有关部门及时处理，以钝化社会矛盾。至1996年，处理人民来信1565件，接待群众来访1158人次。1996年，被江苏省高级人民法院评为信访工作先进单位。1997年，处理来信452件，接待来访592人次；1999年，处理来信479件，接待来访5297人次，其中各法庭接待来访4467人次，提供法律咨询480人次，被江苏省高级人民法院授予“文明窗口”称号。2001年，市法院领导主动下乡接待上访16人次；接待室收到来信655件，比上年增加191件；接待来访775人次，比上年减少5056人次，法律咨询义务解答331件。

2004年4月，制定《申诉信访工作暂行规定》，从初访登记到信访案件流程管理，乃至责任机制都作出明确规定。2006年，开展“涉诉信访百日活动”，集中化解一批政府交办的信访老案和信访突出问题。

2008年，处理人民来信85件，接待来访96批，201人次；市人大、政府转办来信32件，处理32件；南通中院交办重点信访案件15件，处理14件，其中属重点涉诉信访案件9件，处理8件；中央信访工作督导组交办3件，处理3件；中央政法委交办1件，处理1件；中联办交办1件，处理1件，处理案件息诉率列南通市法院系统第二位。

1993—2008年，市法院累计处理人民来信5292件，接待来访2.46万人次，年平均办结率在98%以上。