1993年起，市法院受理的经济纠纷与商事案件逐渐增多，案件涉及范围不断扩大，讼争标的额也不断增加。

1998年，通州市内多数乡镇的合作基金会因管理不善而产生大量案件，市法院专门成立清理小组，进行专项清理。在接到骑岸镇合作基金会告急信息后，清理小组随即赶赴现场，连续4天蹲点办案，共派出警力60余人，向31名涉案当事人送达诉讼文书，依法采取财产保全措施，在相关部门配合下，收回资金100多万元。

2003年，市法院制定《关于加强外向型和民营经济司法保障和服务力度的实施意见》，与43个企业建立服务联系网络，为促进外向型经济和民营经济发展提供法律服务。是年，共审结借款合同纠纷案件698件，买卖合同纠纷案件379件，审结标的金额3600余万元。

2005年，在审理通州市供销大厦、南通盐场、通州盐场等企业破产案件中，注意保护债权人和破产企业职工的合法权益，及时发现和制止一些企业假破产、真逃债和国有资产流失问题，共处理破产资产总额2.35亿元，清理破产债务3.5亿元。同时，及时处理好职工集体上访事件，避免矛盾激化，协助企业主管部门分流安置职工2664人。

2008年，为应对激增的商事案件受理压力，开始在民二庭与各法庭和知识产权庭之间进行商事案件繁简分流。是年，审结商事案件1719件，为上年的225%。

1993年—2009年6月，共受理商事案件2.09万件，审结1.95万件，结案率93.3%。