20世纪90年代以后，民事诉讼案件大幅度增加，最多的是离婚、抚育、赡养、继承等家庭纠纷案件，其中婚姻纠纷案件占民事案件总数的30%以上；其他如公民之间因生产经营而引发的债务纠纷、涉及房地产方面的诉讼和企业单位的劳动争议案件也不断增多。市法院在审理各类民事案件中，推进审判方式改革，提高办案质量和办案速度。同时，尽量采用调解程序，妥善化解矛盾纠纷，维护当事人的合法权益。

1993—1996年，民事审判庭和基层人民法庭共组织22个观摩庭，推行直接开庭，当事人举证、质证，合议庭或独任审判员当庭认证，在事实清楚、证据充分的前提下，依据法律当庭宣判，一定程度上提高了办案效率和质量。2001年1月，简化民事简易案件审判程序，在确保当事人诉权的前提下，简化庭审环节，努力提高审判效率。实行案件繁简分流后，当年适用简易程序案件占比85%，庭审时间较上年平均缩短三分之一。适用简易程序审理的民事案件在40天内审结的占75%，案件平均审理时间为36天，比上年快近10天。2007年，改革繁简分流审判管理方式，成立速裁组、疑案组与公告组，细化职能分工，提高审判质效。2008年，出台《通州市人民法院审判质效预警规定（试行）》，明确审判质效预警范围，实现审判质效动态管理。是年，民事案件平均审理天数为25.3天。

2000年起，市法院把调解工作贯穿于审判全程，妥善处置各类矛盾。2003年，试行审、调适度分离，在法庭分设调解法官和裁判法官。是年，审结民事案件调解撤诉率达70%。2004年，根据南通市委提出的在全省率先构建大调解格局的要求，探索建立诉讼调解与大调解衔接工作机制，率先出台《诉讼调解与大调解衔接工作实施方案》，在市调处中心设立巡回合议庭，构建“两调”衔接无障碍通道。是年，民事案件调解结案率达69.5%，同比上升15.5%。2005年，聘请市工会10名干部为劳动争议案件特邀调解员，参与劳动纠纷调解，在维护企业用人自主权的同时，注重保障劳动者依法享有的各种权利。同时，实行庭前预约调解，基层人民法庭庭前预约调解成功率达60%。2008年，增设人民调解窗口，促使各类纠纷通过诉讼内外的不同机制得以分流转换、调处解决。2007—2008年，全院邀请协助诉讼调解610件，委托调解26件。

1993年—2009年6月，市法院共受理民事案件5.36万件，审结5.22万件，结案率97.37%。