1993年起，市法院会同公安、检察机关，共同开展集中“严打”和打黑除恶、禁毒等专项斗争，及时遏制违法犯罪活动高发势头。根据1993年7月高级人民法院院长会议关于抓好经济犯罪审判的专门部署，加大经济犯罪案件审理力度，依法严惩一批贪污受贿，破坏金融秩序、税收征管秩序和制造销售伪劣商品等严重经济犯罪分子。

在审理严重刑事犯罪案件时，大部分采取公开审理、公开宣判方式，造成“严打”声势，震慑犯罪分子。2003年，先后组织5场大规模集中宣判活动，旁听群众达1万余人。2007年8月，依法审结南通中院指定管辖的一起涉及24名被告人，涉嫌组织、领导黑社会性质组织罪及故意伤害、寻衅滋事、破坏生产经营罪等7项罪名的重大刑事案件。1993—2008年，共受理杀人、强奸、奸淫幼女、拐卖妇女儿童等严重刑事犯罪案件1213件，审结1203件，审结率99.2%。

对贪污受贿、破坏金融秩序、税收征管秩序和制造销售伪劣商品等严重经济犯罪分子，加大审理力度。2002—2007年，先后审理市教育局原局长、市实验小学原校长、市电信局原局长、市建设局原副局长、市审计局原局长等贪污受贿案，推动反腐斗争深入开展。2008年，审结销售假白蛋白、假狂犬疫苗重大犯罪案件3件，20名销售假药的罪犯受到惩罚，其中1人被判处有期徒刑14年。1993—2008年，审结经济犯罪案件689件，判处犯罪分子858人。

盗窃案件在各类刑事案件中占比最高，主要是依法严惩盗窃集团的首要分子、重大盗窃犯、惯犯、流窜犯，并注重打击销赃犯。1993—2008年，审结盗窃案件1535件，占同期刑事案件审结数的25.5%。

对刑事自诉案件，在依法公正裁决的同时，注重钝化自诉人和被告人之间的矛盾，做细致的思想工作，促使刑事自诉案件和刑事附带民事诉讼被告人悔罪、认错、积极赔偿，进而取得受害人谅解，以促进社会的安定与团结。1997年，审结刑事自诉案件44件，判决的仅占13.6%。2005年，有16件刑事自诉案件和23件刑事附带民事诉讼案件调解或撤诉。2008年，刑事自诉及附带民事赔偿案件调解、撤诉率70.6%。

对青少年犯罪案件，通过加强少年法庭工作，对失足青少年进行教育、感化、挽救，尤其是加强对缓刑、管制、拘役的少年犯的定期回访教育，从社会、家庭、学校等方面开展立体化帮教，促使其自觉改造。2001年5月，少年法庭在全国率先设立“圆桌审判”，实现庭审形式与教育内容的有机统一。2002年初，少年法庭设立“青少年维权热线”，同时建立救助工作机制。4月，该庭获江苏省“优秀青少年维权岗”称号。2003年，启动“春芽”工程，将青少年维权从刑事审判、审后帮教层面，扩展到预防青少年犯罪，保障青少年合法权益等方面，逐渐形成以刑事审判为龙头，民事、行政、执行相辅助的青少年维权体系。2004年起，试行缓刑听证制度，落实缓刑少年犯思想汇报会制度。2006年，邀请心理学家对少年犯进行心理矫治，联合市级机关工委建立“特邀监护人”制度，经少年法庭判处的罪犯，尚未发现有人重新犯罪。2008年，在南通法院系统中，率先启用涉少刑事、民事、行政审判三审合一模式，推进涉少审判的专业化和规范化。还先后到金沙、二甲、西亭、兴仁、姜灶等镇十几所中学，以案讲法，开展预防犯罪教育，取得较好效果。

1993年—2009年6月，共受理各类刑事案件6383件，审结6260件，结案率98.07%。