1993年，市人民法院内设民事、刑事、经济、行政、告诉申诉审判庭和少年法庭、执行庭、办公室、研究室、政工科、经济纠纷调解中心，下设金沙、九华山、十总、石港、刘桥、平潮、二甲、三余、兴仁、通海、小海11个人民法庭。此后，根据工作需要，对内设和派出机构设置作了多次调整。至2009年6月，市法院内设办公室、政治处、立案庭、刑事审判庭、少年法庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、知识产权庭、行政审判庭、审判监督庭（审判管理办公室）、执行局、研究室、司法警察大队、监察室、司法鉴定中心，下设兴仁、张芝山、三余和平潮4个人民法庭。