1993年后，通州市人民法院按照打防并举，标本兼治，重在治本的总原则，坚持依法从重从快的方针，严厉打击各类刑事犯罪活动，重点打击杀人、抢劫、强奸、贩毒、盗窃等严重破坏社会秩序和危害人民生命财产安全的犯罪分子及犯罪团伙。同时，创新少年法庭工作机制，推进青少年维权工作。进行民事审判方式改革，提高民商事纠纷案件的办案效率。加强对土地、工商、税务、治安、收容审查以及劳动教养等行政案件的审理，有效处理各类行政纠纷。完善机构设置和人事制度改革，改进执行工作，强化审判监督，健全司法行政体制，推进法院工作开展。1993年—2009年6月，市法院共审结刑事案件6260件、民事案件5.22万件、商事案件1.95万件、行政案件764件，执结案件4.34万件。

2002年，市法院法警大队进入“全国人民满意法警队”行列。同年7月，兴仁人民法庭庭长杨美华被最高人民法院授予“全国人民满意的好法官”称号。2004年，市法院被共青团中央、中央综治办、最高人民法院等13个部门授予全国优秀“青少年维权岗”称号。兴仁人民法庭先后被最高人民法院授予“全国法院系统指导人民调解工作先进集体”“全国优秀人民法庭”称号，2006年又被授予“法院系统全国青年文明号”称号。2007年，市法院被最高人民法院和司法部授予“全国法院指导人民调解工作先进集体”称号。