1993年，驻所驻场检察室成为省检察系统首批规范化、制度化管理达标单位。监所检察经验分别于1994年、1995年在全省全国监所检察工作会议上介绍推广。

2002年，对6名羁押超过1个月未投监的案犯及时提出纠正，得到所方采纳。2004年，《南通检察简报》第六期转发了通州市检察院《实行整体联动，防范超期羁押》的经验和做法，全国人大常委会副委员长顾秀莲批示：“整体联动，防范超期羁押工作做得很好，希望继续努力做好检察院各项工作，真正做到‘公正司法，执法为民’”。2006年，向有关部门、单位联系催办换押38批84人次;2007年催办17批59人次。2008年，与办案部门、侦查监督和公诉部门、看守所和驻所检察联动，建立三级联防超期羁押机制。

2001年，发现有4名被羁押的犯罪嫌疑人受到体罚，经向办案单位提出纠正意见后，有6名办案人员进行离岗培训，2名办案人员被纪委立案查处。同时，注意把好留看守所服刑审批关，建议将6名不符合留所服刑条件的罪犯投进监狱服刑。2002年，取消2名经济案犯的留所资格。2003年初，看守所提出拟将2名余刑一年以上的罪犯留所服刑，经审查后，认为这2名罪犯不符合留所条件，及时与所方沟通协调，为所方采纳。2008年，开展“清理久押不决”“排查跑风漏气、假检举假立功”“限制违规使用械具”和“核查囚粮囚款”等专项检察活动。2009年，开展以预防和打击牢头狱霸为主要内容的看守所监管执法专项检查活动，以及强化监管执法和法律监督专项活动，推动看守所公正执法、文明执法。

1993年，驻监狱检察室挂牌办公。2003年1月，新建的驻通州监狱检察室办公大楼投入使用。

1993年—2009年6月，共受理通州监狱移送起诉的罪犯又犯罪案件22件22人，经审查决定起诉22件22人，审判机关均作了有罪判决。通州监狱共有40次呈报减刑、假释6538名罪犯，经过检察发现不具备减刑、假释条件建议取消的188人，具备条件建议呈报的6350人。驻监检察室还配合监狱对9名保外就医的罪犯进行实地检察，对保外条件已经消失的8名罪犯，建议及时收监执行。驻监室单独进行安全防范检察1035次，与狱政部门联合检察84次，及时提出专项检察建议215条，消除不安全隐患194起。

1998年12月，会同公、法、司三部门对全市监外执行罪犯进行联合考察。当年基层选举时，新联乡一名因强奸、流氓罪曾被判处有期徒刑13年，剥夺政治权利4年的人员，选举办公室认为他刑期未满没有选举权，而他申诉曾减过刑，应有选举权。市检察院查明他确实经法院裁定减过刑，依法恢复其选民资格。

2003年，对全市暂予监外执行罪犯的执行情况进行专项检察，开展社区矫正试点工作。2005年3月，市检察院监所科收到无锡市中级人民法院裁定罪犯刘某某假释出监的文书，假释考验期至2006年3月16日。检察官对裁定书仔细审查后认为，假释考验期应至2006年4月16日，遂立即发函提出，经无锡市中级人民法院裁定更正。

2007年，开展核查纠正监外执行罪犯脱管漏管专项行动，对社区矫正工作中存在的问题，在社工培训班上进行业务指导。同时，配合市社区矫正办公室在张芝山镇试运行社区矫正卫星定位信息管理平台。市检察院《抓好“五个环节”，严格监督监外罪犯交付执行》的经验，被刊登于《全国核查纠正监外执行罪犯脱管漏管专项行动简报》（2007年第29期）。