1993—1996年，重点查处刑讯逼供、徇私舞弊、非法拘禁、玩忽职守和重大责任事故等“五类”案件。4年内，共受理各类案件179件，其中立案侦查41件42人，决定提起公诉21件22人，其余的为免予起诉。

1997年7月，通州监狱侦查科一位副科长，在找被禁闭的罪犯朱某谈话时，采用抽耳光、电警棍击打等体罚手段，致朱某右耳鼓膜穿孔。市检察院依法对这位副科长立案侦查，以刑讯逼供罪起诉，市法院一审判处免予刑事处分。1998年5月，南通市法院二审判决宣告无罪。通州市和南通市两级检察院提请江苏省检察院抗诉。1999年3月，省高级法院终审判决，以刑讯逼供罪判处其有期徒刑一年，缓刑二年。2000年，查处市法院某法官民事枉法裁判案，2003年查办某乡政府干部玩忽职守案，2004年查处某派出所干警非法搜查案，2005年查处某镇政府、镇人武部2名干部的非法拘禁案，2006年查处某工商分局监管员玩忽职守、贪污案，2008年查处如皋食品药品监督管理局某副局长徇私舞弊、稽查大队某大队长放纵制售伪劣商品等通州首例假药案背后的渎职犯罪案，这些案件的犯罪嫌疑人均受到刑事责任追究。