1993年后，市检察院在刑事诉讼案件监督中，坚持公正司法、严格执法，认真纠正执法过程中存在的有法不依、执法不严、违法不究的突出问题。1998年，根据被害人及其亲属的申诉，市检察院经过审核，向公安机关发出说明不立案理由通知书4起，发出通知立案书1起；向公安机关发出《纠正违法通知书》4份，纠正决定不捕而未被立即释放4人。1999年，执行侦查监督和审判监督程序，依法追捕1件1人，追诉被告人4人，被告单位2个，法院均作了有罪判决。对二审作无罪判决的一起刑讯逼供案，按照审判监督程序提请省检察院抗诉，被省高级人民法院依法作出有罪判决。

2000年上半年，公安机关集中开展“打拐”专项斗争，针对在抓捕人贩子过程中，存在异地寄押不算期限而超期羁押现象，市检察院向公安机关发出4份《纠正违法通知书》和1份《检察建议书》，此举引起公安机关的高度重视，南通市和通州市政法委还专门召集“三长”（公安局局长、检察院检察长、法院院长）联席会议进行研究和协调，最后一致采纳市检察院的意见。

2003年，根据南通市检察院的统一部署，开展对“在逃”“另案处理”案件及赃款赃物处理专项监督，推动公安机关自查自纠并利用互联网成功追捕逃犯11人，处理赃款1400余万元。

2005年，开展打击制售伪劣商品、侵犯知识产权犯罪立案监督专项行动，先后访问工商、税务、国土、文化、质监、药监等行政执法部门20余次，查阅行政处罚案卷近百件，督促行政执法部门向公安机关移送刑事案件线索17件，为全市经济建设营造良好的法治环境。

2006年起，进一步开展以纠正不正确使用刑事拘留权为主要内容的侦查监督活动，共立案监督8件20人，纠正漏捕2人、漏诉1人。2007年，纠正漏捕15件18人，提起刑事抗诉1件，并获改判。2008年，纠正漏捕28人、漏诉14人，提出刑事抗诉1件，并获改判。2009年上半年，纠正漏捕7人、漏诉2人。