1993年起，市检察院在审查批捕各类刑事犯罪案件中，坚持从重从快及时打击严重刑事犯罪分子。1997年，共批捕重特大犯罪嫌疑人82人，其中杀人、抢劫、强奸等严重暴力犯罪案件27件34人；批捕盗窃犯罪嫌疑人92人，其中外来犯罪嫌疑人83人，青少年犯罪嫌疑人81人。全年不批准逮捕犯罪嫌疑人54件69人，其中不构成犯罪不捕16件23人，构成犯罪不需要逮捕17件21人，事实不清、证据不足需要补充侦查21件25人。

1998年，在继续坚持主罪主证复核、备案审查等制度的同时，先后制定办案责任制、错案追究制、办案考核制和案件质量跟踪制等一系列办案制度，规范批捕工作程序。2000年，全省检察机关开展“审查批捕工作规范年”活动，市检察院进一步规范审查批捕业务，逐步健全完备高效的审查批捕工作机制，确保办案质量，提高工作效率。2001年，市检察院坚持“关口前移”制度，适时派人到公安机关刑事案件综合审查部门，对公安机关侦查后拟报捕的案件进行摸底调查，对一些事实不清、证据不足和明显不构成犯罪的及无逮捕必要的案件，建议公安机关不提请批准逮捕。全年共增减犯罪事实的案件8件10人，退回公安机关补充侦查9件11人，退回自侦部门补充侦查19件20人。

2004年，市检察院共对公安机关提请逮捕的9件案件13人作出不批捕决定，其中事实不清、证据不足不捕6件9人；无逮捕必要不捕3件4人。

2005年7月起，市检察院所有案件从受理、审查到领导审批都在网上进行，实现无纸化办案。是年，市检察院共作出不批捕决定7件18人，其中不构成犯罪的1件3人，事实不清、证据不足的4件10人，无逮捕必要的2件4人。向公安机关发出《补充侦查提纲》10份。

2006年，参与打黑除恶专项活动，审查批捕、起诉在海门叠石桥市场猖狂作案的黑社会团伙，24名被告全部被有罪判决。2007年，与市公安局、市法院联合制定《关于轻微刑事案件快速办理的实施意见》，进一步提高办案效率。

2008年，制定《关于在未成年人犯罪案件审查逮捕中邀请人民监督员参与监督的暂行办法》，切实维护未成年犯罪嫌嫌人的合法权益。是年，共邀请人民监督员参与监督审查逮捕未成年人犯罪案件6件14人，其中参与讯问2件2人。