1993年，反贪污贿赂以查处“三机关一部门”（党政领导机关、司法机关、行政执法机关和经济管理部门）的贪污贿赂案件为重点，着力查处大案要案。至1996年，4年中共受理各类经济案件345件，经审查决定立案229件241人，其中万元以上大案163件；经审查决定起诉113件123人，免予起诉116件118人。在立案侦查的经济犯罪案件中，一是机关和国营企事业单位工作人员犯罪增多。1994年立案侦查的57件案件中，属“三机关一部门”的工作人员5人;1996年立案侦查的63个案件中，查处副科级以上国家干部6人。二是串案窝案多。1996年6月，在水利系统挖出串案16件16人，又在串案中端出窝案2件6人。三是亏损企业“蛀虫”多。1995年，对30个亏损企业进行财务审计，其中8个企业挖出了“蛀虫”，立案的有26件。

1997年起，重点查办大案。当年查办万元以上的大案46件50人，其中5万至10万元的9件，10万至50万元的7件，50万元以上的3件。查办“三机关一部门”中经济罪案6件6人，查办乡镇站所工作人员经济罪案12件12人。1998年，立案查处的20件经济案件中，重特大案件8件；查出国家机关工作人员涉嫌犯罪7人，其中副科级以上干部3人。

1999年，因反贪污贿赂工作成绩突出，市检察院被南通市检察院记集体三等功。2000年，市检察院查办贪污贿赂工作经验由省检察院向全省介绍推广。

2001年，市检察院进一步加大查办贪污受贿等职务犯罪工作力度，查办的40件职务犯罪案件中，属“三机关一部门”的有14件14人，其中科级干部6人；贪污贿赂10万元以上、挪用公款50万元以上大案10件。在立案查办的案件中，属窝案串案的31件，有6人投案自首。2002年，立案查办贪污贿赂案件47件47人，市检察院“深挖窝案串案”经验被省检察院推广。

2003年，在立案查办的26件贪污贿赂等犯罪案件中，贪污贿赂5万元以上和挪用公款10万元以上大案13件，属窝案串案的17件。2004年，坚持集中力量查办大案和有影响的案件，共立案查办贪污贿赂10万元以上、挪用公款50万元以上的特大案件11件11人，其中副科级以上干部职务犯罪案件7件7人；先后有7名犯罪嫌疑人投案自首。

2005年，实行讯问犯罪嫌疑人全程同步录音录像制度，对重要证人询问也实行全程同步录音录像，杜绝翻供翻证，促进规范执法、文明办案，这一做法得到省检察院肯定。是年，共立案查办贪污贿赂5万元以上、挪用公款10万元以上的重特大案件13件13人，查办副科级以上干部职务犯罪7件7人。

2006年，市检察院被省检察院确定为初查试点单位，开展集中查办商业贿赂职务犯罪案件专项行动。共立案查办贪污贿赂5万元以上大案14件，其中商业贿赂犯罪案件9件。立案查办科级干部4人，处级干部1人。

2007年，市检察院敦促职务犯罪嫌疑人投案自首的经验，被南通市检察院推广。是年，立案查办的18件贪污贿赂等犯罪案件均为5万元以上大案，其中科级干部5人，副处级干部1人。

2008年，开展查办涉农职务犯罪专项活动，立案查办涉农职务犯罪大案15件。2009年上半年，立案查办涉农职务犯罪案8件。