1993年2月，市人民检察院驻环本农场检察组更名为驻环本农场检察室；同时，设立驻看守所检察室，与监所检察科合署办公。6月，经济罪案举报室更名为举报中心，与控告申诉检察科合署办公。至1993年末，市人民检察院内设8科、5室，即：刑事检察一科、刑事检察二科、经济检察科、法纪检察科、控告申诉检察科、监所检察科、民事行政检察科、政工科、办公室、研究室、技术室、驻税务局检察室、驻环本农场检察室。1994年9月，组建驻平潮镇检察室。1995年5月，组建驻通州经济开发区检察室，经济检察科更名为反贪污贿赂局。同年，驻环本农场检察室更名为驻通州监狱检察室。1995年，全院设有政工科、办公室、研究室、反贪污贿赂局、刑事检察一科、刑事检察二科、法纪检察科、控告申诉检察科、举报中心、监所检察科（内设驻看守所检察室）、民事行政检察科、驻税务局检察室、驻通州监狱检察室、技术室等14个科室。此后，为加强检察工作需要，不断调整和充实内设机构，至2009年6月，内设职能机构为16个，即办公室、政治处、纪检监察室、法律政策研究室、人民监督员办公室、侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所科、民事行政检察科、控告申诉检察科、司法警察大队、职务犯罪预防科、驻通州监狱检察室、案件监督管理科。