1950年10月，南通县公安局设看守所于金沙镇北山西首。1972年，看守所迁至师范桥南首。1993年，在原地东北侧新建14间监房。因监房基础设施陈旧，对安全构成严重威胁，1998年8月经市政府审议通过看守所搬迁计划。新所位于金沙镇新三园村，征地3.7公顷，投资1970万元，于2002年9月建成投入使用，建筑面积1.02万平方米，装备有集多项预警功能于一体的监房图像监控系统。2004—2005年，添置计算机及服务器、交换器和数码相机等设备，建成信息管理系统。

2003年，在看守所建立向社会开放的警示教育基地，每年接待70多个单位5000余人次。

1998—2002年，市看守所连续5年被省公安厅评定为三级看守所。2003—2005年，连续3年被省公安厅评定为二级看守所。2006年8月，被公安部监所管理局授予“市级公安监管部门信息技术应用示范单位”称号。至2008年，连创6年二级看守所、连续20年安全无事故，被省公安厅评为“信息化建设省级示范单位”；副所长葛伟峰被公安部授予“全国公安监管部门深挖犯罪专项行动先进个人”称号。

市公安局治安拘留所始建于1985年，与看守所同址。2002年9月，与市看守所一起搬迁新址。2002年，在开展创建治安拘留所规范化建设示范单位活动中，被省公安厅评定为达标拘留所。2003年，被省公安厅评为“省级规范化建设示范单位”。2004—2005年，被公安部确定为“全国规范化建设示范单位”。2006—2008年，被省公安厅评为二级拘留所。