1987年11月，机动车驾驶员的管理和培训工作，由交通部门划归公安部门，其中汽车驾驶员的培训和考试由南通市公安局管理，“五小车辆”（手扶拖拉机、农用机动车、二轮摩托车、轻便摩托车和三轮摩托车）的培训和考试由通州市（南通县）公安局交警大队驾驶员培训中心负责。1995年起，“五小车辆”的培训工作由市公安学校负责。1998年9月，“五小”车辆驾驶员培训工作下放到乡镇派出所和基层交巡警中队。1999年起，为方便群众考领机动车驾驶证，组织流动车管所，每月定期到基层交警中队进行申领摩托车驾驶证科目考试。2000年12月，全市集中开展拖拉机违章专项整治活动，遏制“黑机非驾”、逾期未检（审）、超载、超速等违章行为。2005年10月起，驾驶证科目一考试实行无纸化，并严格科目二、科目三的考试标准。2009年5月1日起，流动车管所业务范围扩展到摩托车新车上牌、申请检验合格标志、摩托车补牌、补证、摩托车驾驶证期满换证、相关驾驶证准驾人员提交身体条件证明等。同时，加强对“双无”（无证无照）人员、“满分”（驾驶证扣满12分）人员和违章、肇事驾驶员的管理，将其纳入重点年审班，通过学习、考试合格后方可再上路。

21世纪初，通州市开始将交通信号灯、“电子眼”等现代装备投入交通秩序管理领域。至2009年6月底，全市先后配备交通巡逻车44辆，通讯设备无线基地台17台，车载电台35台，手持电台172台，交警专用雷达测速仪28只，测酒仪28只，阻车路障28个，流动电子警察10个、录音笔75支，以及勘查、防卫器械和武器警械装备。

2000年，在金沙镇师范桥、金沙大桥、西格玛酒店路口安装3组“电子警察”，更新完善城区的交通标志标线，在通海路、银河路口增设交通信号灯，在市区4个主要出入口增设4块大型永久性宣传标语牌和26块灯箱式交通安全宣传牌，在建设南路增设“交通文明示范街”永久性标志牌。2001—2002年，在城区主要道路增设交通信号灯、太阳能黄色闪烁警示灯、电子诱导屏、交通隔离护栏和交通标志牌，刷新交通标线。2003年，全市刷新交通标线12万平方米，增设警示牌200块，金通大道全路段实施了亮化工程。2003年—2009年6月，在G204、S225、S335、S336、石江公路、五平线、平海公路等公路安装路灯，全市亮化里程达620余公里，设置交通标志2万套，交通标线120万平方米，主要路口设置电子监控500个；在城区主要路口设置交通信号灯30处、电子警察19处，城区周边的11条道路上增设禁区标志。

1999年起，市交巡警大队实行步巡、车巡相结合的路面巡查方式，坚持早查夜巡，将警力向重点路段、重点时段倾斜，充分发挥“一警多能”的作用，是年查获被盗车辆118台，抓获和协助抓获违法犯罪嫌疑人员116人。

2002年8月，将全市184名出租车驾驶员的手机组成群呼网，可以用发短信的方式，在第一时间内将作案嫌疑人的相貌特征发送到广大出租车驾驶员的手机上，扩大群防群治力量。同时不断加强防控硬件、软件建设，配备相应的通信设施、路障设施以及警械装备。

2004年开始，推行交巡警路面管控划分责任段承包交通秩序“四定三包二提升”的新勤务，实行定责任民警、责任路段、工作职责、管控目标，提升道路安全隐患及时排查整治的效能，努力让人民群众满意。

2008年起，对道路交通管理实行勤务弹性制、联勤承包制、重点时段路段管控制，采用流动红旗评比方式，开展创建执勤执法“文明标准岗”活动。

1993年起，市公安局车辆管理所逐步健全和完善工作机制，推行“两公开一监督”制度，即公开办牌办证规定、标准和程序，公开岗位“文明用语”和工作规范，主动接受群众监督。

1995年，市车管所对全市车辆、驾驶员档案进行全面清理，重新编号造册，对达到报废年限满两年的车辆和超过3年未换证的机动车和驾驶证档案予以注销。同年，完成“九二”式牌证的换发工作。

1997年，新建的300多平方米的办证大厅和图书室、娱乐室等投入使用。为加强车辆上牌、年检、特检等工作，确保路面无病车、危车行驶，车管所对全市车辆单位实行“车管所—交巡警中队—驻所交巡警”三级管理机制。车管所主管客运、危险品运输单位以及部分重点车辆大户；各交巡警中队主管辖区内车管所列管以外的所有拥有汽车的单位；驻所交巡警主管“五小”车辆。2001年，启用全国统一的机动车登记证书。2004年，使用全国版的计算机登记系统办理机动车登记，可将有关登记内容实时传送到全国公安交通管理信息单位。

2000年起，推行微机送号、微笑服务活动，不断提高群众满意率。2007年，驾驶证业务岗被省公安厅命名为执法示范岗，执勤民警叶林琳被省公安厅授予执法先进个人称号。

2009年5月1日起，为方便辖区内汽车就近办理牌证，车管所积极争取上级业务主管部门的支持和帮助，开始办理除进口汽车、中型以上客车、危化品运输车、校车以外的汽车登记业务。

1993年后，市公安部门处理交通事故坚持“三快”“三公”，即：赶赴现场勘查快、调查取证鉴定快、善后处理结案快，政策程序公开、责任认定公正、善后处理公平，推广和运用简易程序处理事故。1996年，市交警大队建立交通案件侦破领导小组，当年全市共发生交通肇事逃逸案件81起，侦破61起，破案率为75.3%，并在省市召开的交通管理会议上作经验介绍。

进入21世纪后，交通肇事罪全部纳入司法程序。市公安局还建立交通事故调解庭制度，主要是调处当事人之间有一定争议或案情复杂需要进入普通程序处理的一般和重大事故，这项制度在南通市推广。2005年，市公安局交巡警大队事故科被南通市公安局授予集体三等功。2007年，成立交通肇事逃逸案件侦缉队，是年，交通肇事死亡逃逸案件侦破率达90.2%。2008年5月，被省公安厅政治部评为“全省交通肇事逃逸案件集中侦破追逃先进集体”。

截至2009年6月底，全市重大事故复议维持率、法定时效内结案率、重大交通肇事逃逸案件破案率均保持在90%以上。