1993年，对常住人口管理实行户籍警负责制。1995年底开始，实行常住人口计算机管理，全市49个派出所均建立常住人口管理系统。2002年，建成全市常住人口计算机实时管理系统，市公安局建立常住人口数据库。2004年7月1日起，实施户籍制度改革，取消农业户口和非农业户口的“二元”结构，全面建立以实际居住地登记户口为基本形式，以合法固定住所、稳定职业（生活来源）为户口准迁条件，与社会主义市场经济相适应的新型户籍管理制度。至2008年12月31日，全市共登记常住人口124.27万人。

1993年后，随着通州经济社会的发展，大量外来人口涌入市内。对暂住人口的管理一直沿用公安部门一家管理的模式。2006年，成立市流动人口管理服务中心，负责组织指导、检查督促、统计分析流动人口管理服务工作。各镇也相应成立流动人口管理服务中心（站），各村（居）建立直接面对流动人口的工作站，并按500∶1的比例配备专职协管员开展工作。2008年起，在使用外来人员的单位设立采集点，所采集的人员信息通过互联网直接输入外来人员数据库；对外来人口的管理服务由公安单一管理逐步转变为社会共同参与的科学管理模式。至2009年6月30日，全市共登记流动人口13.34万人，其中男7.65万人，女5.69万人。核发暂住证9.75万人，占73.1%。建立流动人口信息社会化采集点190个，采集信息5.76万人。

1993年撤县建市后，开展居民身份证的换发工作，至1996年末基本结束。此后转入正常的换发证阶段，每年约制发居民身份证（当年年满16周岁申领、有效期限10年到期换领、丢失补领）5万余张。2005年10月，启动换发第二代居民身份证工作，至2007年末，共集中换发第二代居民身份证111万张。2008年起，转入正常的换发证阶段。