打击重点  1993年后，市公安局在与刑事犯罪作斗争中，以狠抓重案、大案侦破为重点，严惩黑恶势力团伙，先后开展“命案必破”、打击“两抢一盗”、打黑除恶、治暴缉枪、整治黄、赌、毒等专项斗争。2000年，市公安局将原有的9个刑警中队合并成6个，刑警力量由原来74人增加到104人，其中30岁以下占41.3%，警校毕业生占60.6%，形成一支知识化、年轻化、专业化的刑侦队伍。2003年，根据辖区发案情况分成打、控、治3条战线9个责任区域，对治安复杂地区由刑侦中队长和3名以上责任民警负责；对治安相对稳定、发案较少地区落实1～2名责任民警，与辖区派出所挂钩办案、捆绑考核，把侦察破案与刑侦基础工作有机结合，对涉黑案件做到打早打小，对严重暴力犯罪和多发性犯罪快侦快破，对“两抢一盗”犯罪集中力量重点打击。在侦查大案要案时，均成立专案指挥部，调集各警种精兵强将，不惜一切代价全力侦破。对过去未破的积案，每年都组织专门力量继续攻克。

1996年，先后破获金沙镇“1·27”雇凶杀人案、涉案金额达800万元的张芝山镇“3·31”特大诈骗案、南通农场“4·27”杀人沉尸案、袁灶乡“5·1”劫持人质敲诈勒索案、五接乡“12·13”抢劫杀人案等16起性质极其恶劣的案件，摧毁一批严重刑事犯罪团伙和称霸一方的流氓恶势力。

1997年，破获1993—1996年间发生在刘桥、平潮一带的夜间拦路强奸抢劫杀人案4起；摧毁一个流窜江苏、江西、安徽等17个省、市作案142起的特大“白日闯”盗窃团伙。

2002年，连续破获在南通地区有较大影响的“1·7”水上抢劫杀人案、“1·21”开发区杀人分尸案、“3·22”城南投毒杀人案等8起恶性大案。

2004年，在开展以打击黄、赌、毒、娼、恶为重点的“清风行动”中，共查处涉黄案件19起、涉赌案件164起、涉毒案件3起、涉娼案件90起、涉恶案件3起，破获犯罪团伙2个，捣毁作案窝点12处；逮捕1人，取保候审2人，收容教养6人，治安处罚725人。

2008年，围绕“奥运安保”这一中心，先后开展“雷霆”“天鹰”等专项行动，相继破获川港“10·17”杀人抢劫案、二甲“3·2”杀人焚尸碎尸抛尸案、兴东“6·13”杀人沉尸案、庆丰“6·3”故意杀人案、金沙“6·4”故意杀人案、平潮非法持有枪支案、兴东买卖枪支案等一批大、要、恶性案件。

1993年—2009年6月，全市共破获各类刑事案件1.68万起，破案率58.6%；捣毁犯罪团伙1087个，抓获作案人员5373人。其中严重刑事犯罪案件1342起（杀人案151起、放火案61起、强奸案367起、抢劫案278起、伤害案481起、爆炸案3起、劫持案1起），破获1281起，破案率95.5%。

刑侦技术  1993年，建立刑事科学技术室，负责辖区内刑事案件现场勘验检查和常见痕迹物证鉴定。并且先后从外地引进和基层抽调19名刑侦科技人员，通过地市级以上公安机关组织的业务培训、考核，经过10多年实践，形成一支队伍稳定、专业齐全、设备先进、素质精良、业绩突出的刑事科学技术队伍。刑事科技室内分技术管理室、痕迹检验室、法医解剖室、图象处理室、档案资料室、物证库。1997年安装指纹自动识别系统。1998年配备测谎系统。2000年起，先后添置数码摄相器材、勘查车、万向比对显微镜、指纹活体采集仪等，达到公安部规定的一级刑事科技室的硬件装备标准，成为侦破许多大案要案的重要手段。2003年，被公安部评为“全国二级公安刑事科学技术室”。2007年，被公安部评为“全国一级公安刑事科学技术室”。

1997年9月，市公安局成立经济犯罪侦查大队，下设案件侦查中队、综合室和驻国税局、地税局、烟草专卖局办公室，负责各类经济犯罪案件的侦破工作。

2004年4月，通州发生一起特大虚开增值税专用发票案，市公安、国税两部门抽调精干力量60余人组成“4·29”专案组，在南通市经侦支队和省经侦总队的支持下，将涉及全国7个省市2000多个单位的“4·29”特大虚开增值税专用发票案彻底查清，破获案值7亿余元的犯罪集团，为国家挽回经济损失7000余万元。

2006年7月，三余镇发生一起利用虚假身份注册出售工业设备的经济诈骗案件。接到报案后，市经侦大队立即成立专案组，派出侦查人员赶赴广东、湖南、山西、浙江、上海等7个省市侦查，同时运用网上作战的手段，通过3个多月的工作，最终锁定陈某等数十人的作案团伙，又经过一年多的追逃，将作案团伙成员全部抓获归案，同时破获该团伙在广西、内蒙等地3起诈骗串案，案值5000余万元。

2008年下半年，受国际金融危机影响，市内出现少数企业主弃企外逃、恶意欠薪、逃债等现象，引发堵门堵路、聚众上访等群体性事件。市公安局从2009年1月起，集中力量进行专项整治，经济犯罪案件立案9起，破案9起，将6名弃企外逃的不法企业主抓获归案，挽回经济损失1000余万元，维护有关债权人和企业职工的合法权益。

1998年—2009年6月，共受理经济犯罪案件1013起，其中立案842起，破案819起，抓获作案成员480人，挽回经济损失3.66亿元。