1993年起，市委政法委注重加强基层治安保卫委员会和人民调解委员会的建设，至1996年，全市90%的治保会和95%的调委会达到“六有”，即有工作人员、有办公地点、有规章制度、有工作计划、有工作台账、有固定经费。通州市的调委会建设受到省司法厅表彰，创建合格治保会的经验被省公安厅推广。

1997年初，开展创建安全文明小区、安全文明乡（镇）村、安全文明单位活动。3月，市综治办会同市公安局先后在金沙、观音山、三余等镇及教育、轻纺系统进行“创三安”试点，随后全面推开。当年，全市初步建成安全文明小区54个，安全文明村302个，安全文明单位51个，安全文明乡镇5个。各乡镇均建立综治委和综治办，明确一名副职领导干部专抓政法和综治工作，配备一名综治专职助理或兼职助理。市综治办还对各乡镇及企事业单位100余名综治工作人员组织业务培训。全市931个村（居）调委会有912个建成标准化调委会。1998年，先后对基层“创三安”活动进行4次检查，经考核验收，全市71%的村、92%的单位、85%的小区、63%的乡镇达安全单位标准。

2002年，在开展新一轮“创三安”活动中，把大中型集贸市场、中小学校、社区和非公有制企业以及民营经济园区、新竣工小区、城乡结合部和各类公共场所作为“创三安”重点。全市93%的村（居）、96%的单位、91%的小区、96%的学校、88%的市场、81%的非公有制规模企业被评为安全文明单位。

2005年，市综治委规定镇、村综治网络建设标准，开展规范化建设达标竞赛活动。全市各村（社区）都建立综合治理办公室，构建成综治办、警务室、治保会、调委会、外来人员登记服务站“五位一体”的工作平台，实现综治工作全覆盖。

2007年，全市基层综治网络建设进一步完善：各镇均建有政法委、综治办、依治办、610办、司法所等工作机构；各村有综治办、调解室、警务室，做到上墙制度、基础台账、标牌设置、人员配备、巡更系统“五统一”。每村有两名专（兼）职保安员，并设立电子巡更点名或巡逻签到箱。同时，选派170多名社区民警到村挂职担任党支部副书记或村委会主任助理，加强对村级综治工作的业务指导。

1999年7月，根据国家决定取缔邪教组织的精神，市政法委组织市610办公室和市公安局等部门及时摸清邪教练习人员和组织情况，严格依照国家法律和政策规定，坚持教育挽救与打击处理相结合，及时制止和处置邪教练习者的非法聚集活动，清查、收缴有关邪教的书画、音像制品等4800余件。对一般邪教练习者加强教育转化，促其转变思想，回归社会，使全市近千名邪教习练者得到解脱。对极少数顽固不化和对社会造成危害的邪教人员，依法进行打击，切实维护社会政治稳定。1999年以后，市公安局先后破获了一批重大邪教案件，给顽固不化的邪教人员和邪教组织以沉重打击。2002—2008年，市公安局连续7年被市委、市政府评为“防范和处理邪教工作先进集体”。2007年，市公安局被南通市委、市政府评为“防范和处理邪教工作先进集体”。

20世纪60年代，居民中出现一种自发性资金互助形式的“标会”。随着市场经济的形成，“标会”失去了原有的互助功能，演变成以营利为目的的非法集资平台。从1996年起，金沙地区的民间“标会”在少数大会头的操纵和控制下，通过“抬标”和“控标”等手段敛财挥霍，导致大量会款消耗和流失。2001年11月中旬，“标会”全面“崩会”，随后数千名群众因追要会款无望，发生了打、砸、抢和非法拘禁等治安问题，还数次大规模集访市委、市政府和堵塞交通要道。市委、市政府作出坚决取缔、全面治理“标会”的决定，市综治办成立依法治理领导组，组织专门力量，在摸清“标会”内幕的基础上进行彻底治理。市公安局经侦大队对非法占有巨额会款的会头立案侦查并追缴赃款。通过为期一年多的艰苦细致的工作，弄清资金的来龙去脉，依法打击18名大肆挥霍“标会”资金、造成巨大亏空等严重罪行的“会头”，其中龚某、顾某2人被依法判处死缓，潘某被判处无期徒刑，其余15人分别被判处15年以下有期徒刑，依法追缴其全部财产。同时督促其他会头自行清理核对“标会”账目，偿还“标会”债务，有70多名“会头”主动交出“标会”集资款，共为群众追回经济损失2500余万元，从而妥善解决了由“标会”问题引发的社会矛盾，确保社会安定。

2003年，成立由市委、市政府主要领导负总责，分管领导任组长，政法、纪检（监察）、组织、宣传、人事等部门负责人为成员的创建领导小组，制定建设平安通州、创建南通最安全县（市）活动实施规划。7月，市召开创建“平安通州”动员大会，全面部署平安创建工作。11月，又先后召开平安创建决战动员会和平安创建流动现场会，以创建平安工业园区为重点，在25个工业园区建立综治指导站，实行综治资源统一整合、治安力量统一部署、社会矛盾统一调处、突发事件统一处理、保障服务统一开展、工作经费统一筹措，并与各企业单位保持全方位、全天候联系。是年，通州市被列为全省首批18个社会治安安全县（市、区）之一。

2004年，社会治安综合治理和平安创建工作取得阶段性成效，营造了和谐稳定的社会环境和公正良好的法治环境。在南通市开展的公众安全感调查中，通州市人民群众满意率达99.6%。10月下旬，在广东江门市召开的全国部分省政法工作座谈会上，通州市作了平安创建经验介绍，得到全国人大常委会领导、中央综治办领导和与会人员肯定，通州市政法部门共有14项工作经验被中央综治办和省政法部门以会议或文件形式介绍推广。

2005年，由市委书记、市长总负责，市四套班子领导干部分别与23个镇、98个市级单位挂钩联系，定期深入调查研究，帮助解决综治工作中遇到的实际问题，形成党委总揽全局、部门齐抓共管、整体联动的“大稳定”格局。

2008年，市委、市政府把平安建设、维护稳定列入行政效能监督、干部考察评价内容，按照属地管理、分级负责，谁主管、谁负责的原则，在年度目标管理考核中，对5个单位的主要领导作出一票否决和警示，推动各级各部门认真落实综治工作措施。