1993年2月，南通县科学技术协会更名通州市科学技术协会。1993年起，各级科协组织坚持以提高全民科学素质为己任，深入实施“科教兴市”战略，健全科协组织网络，开展群众性科普活动和学术交流活动，组织各类科技咨询服务，促进全市科技事业的繁荣和经济社会协调发展。市科协先后被评为省科普宣传先进集体、省“科教进社区”活动先进集体、省科技兴农富民工程优秀组织单位等。2004年、2007年，通州市分别建成省科普示范市和全国科普示范市；2008年，被中国科协评为全国优秀科普活动站。

1992年末，科协系统有县级学会、协会、研究会48个，乡镇科协49个，工厂科协35个，农村专业技术研究会177个，共有科协会员3.07万人。1997年、2001年、2008年先后进行3次乡镇科协换届选举。2000年，金沙镇城南街道建立全市第一个街道科协组织，下辖32个科普小组。2005年，3所学校建立科协组织。2008年，通州经济技术开发区、滨海新区相继组建科协组织。至2009年6月，全市形成以市科协为龙头，镇科协、企业科协、行政村科普小组、农村专业技术协会为基础，市级学会（协会）、街道科协、社区科普小组、科普志愿者队伍为依托的城乡科普组织网络。但由于区划调整、乡镇村撤并、机关事业单位机构改革、企业改制，科协组织数量有所减少。全市有镇区科协组织21个、市级学（协）会34个、企业科协20个、街道科协14个、行政村（社区）科普小组270个、专业技术协会84个，城乡科普志愿者624人，科协会员1.97万人。

市科协第六次代表大会  1998年12月22日召开，307名代表出席。会议听取并审议董维善所作的《加大科教兴市步伐，迎接二十一世纪的到来》的报告；选举产生市科协委员98人。六届一次全委会选举王志明为主席。

市科协第七次代表大会  2003年12月30日召开，212名代表出席。会议听取并审议王志明所作的《认清新形势，立足新起点，为开创科协工作新局面而努力奋斗》的报告；会议选举产生市科协委员87人。七届一次全委会选举王志明为主席；王志明、邱卫东当选省科协第七次代表大会代表。

市科协第八次代表大会  2008年12月18日召开，255名代表出席。会议听取并审议赵国明所作的《凝聚社会才智，提升全民素质，为创新型城市建设注入强大动力》的报告；选举产生市科协委员74人。八届一次全委会选举赵国明为主席。

科普宣传  1993年起，每年5月开展科普宣传周（一般为第二个星期）活动，市政府领导作电视动员，“一报两台”跟踪报道，各部门整体联动，宣传普及健康、文明、科学的生产与生活方式。至2009年6月，市科协等举办科普讲座3400多场，放映科普电影5500多场，举办科普板报展览1600多场，布置科普画廊、黑板报6580多期，开展青少年科普活动3500多场，撰写科普广播稿1.1万多篇。先后组织“五越杯”“健康杯”“星禾杯”“环保杯”等科普知识竞赛，参加竞赛11万人次。2002年在市民广场举办“崇尚科学、破除迷信、做文明市民”科普图片展，并向各镇发放揭批邪教的光盘。2008年，四川汶川大地震后，制作防震减灾科普展板29块，到11个镇、12所中小学巡回展示。2009年上半年编印《科学认知和防控甲型H1N1流感》工作简报，在通州党政信息网和“中国通州”网站设立科普专题，更新城区主干道50个科普画廊画面，制作10块防范甲型H1N1流感科普展板到镇村巡展。

市科协会同四安镇政府每年主办四安镇“二月二”科技商品集市，通过举办技术讲座、展出科普板报、现场科技咨询、发放科普资料等形式，向农民普及科学知识。至2009年6月，赶集农民83万多人次。2007年“二月二”科技商品集市案例被收录于《南通市农村精神文明建设新案例》，并被评为省农村精神文明建设创新案例。

市科协会同农林局、科技局、卫生局等单位，每年开展送科技下乡，开展科普宣传活动10多次。至2009年6月，全市开展各类科普活动1.2万项（次），受教育群众1400多万人次，年均科普教育覆盖率75%，举办各类科普报告、广播讲座6.2万多场，听众550多万人次，编发科普资料420万份（册），展出科普板报3.8万多期，撰写科普广播稿件2.8万多篇。

科普阵地建设  2000年建立南通地区首家科普网站“通州科普之窗”，用于发布科普信息，宣传普及科学知识。该网站于2006年加盟中国互联网协会网络科普联盟，是南通地区唯一成为该联盟成员的县（市）级网站。2002年，通州市命名首批科普教育示范基地3家，兴东高科技农业园区被评为南通市农村科普示范基地。2003年初成立市科协系统信息报道组。同年开展创建科普文明社区活动，至2009年6月，全市建成通州市级以上科普文明社区27个。2003年—2009年6月，市科协共投入200多万元建设科普画廊、改造宣传栏192座。2005年，川港镇志浩村、兴仁镇徐庄村建立科普电子阅览室，成立农民科普技术学校。6月，市农业科普服务热线开通。2007年命名首批科普示范镇12个、科普示范村31个。成立由100多名专家组成的市科普讲师团，金沙镇成立全市首家社区科普大学。全面推进科普“两站一栏一员（科普活动站、惠农服务站、宣传栏、宣传员队伍）”建设。2008年，通州市成为全省首批“一站一栏一员（科普活动站、宣传栏、宣传员队伍）”建设试点单位，市科协给予刘桥镇等7个“两站一栏一员”试点单位各1万元项目资助。

科技培训  1993年—2009年6月，科协组织围绕农业结构调整，遵循“实际、实用、实效”原则，举办各类科技素质培训班近7000期，受训学员157万多人次。1997年起，市科协会同市委组织部在全市建立市级农村党员、基层干部、回乡青年科技素质培训示范基地22家，同时，对示范基地实行滚动管理考核。1999—2003年，市科协与市委组织部联办3期面向镇村干部的专业证书培训班和大专毕业证书学历班，培训103人。2006年—2009年6月组织100名科技专家帮扶50个行政村，培育1500户农民骨干和科技示范户，有9个科技富民项目被评为南通市优秀富民项目。2008年，市科协被评为省万名科技专家兴农富民工程优秀组织单位。

学术科研活动  1993年—2009年6月，市科协系统各学会、协会、研究会召开学术研讨会1700多次，撰写科技论文2.2万多篇，其中，获各级奖励1100多篇。1993年，市医学会会员罗素娅参加第六届国际“白内障人工晶体植入、显微手术和屈光不正角膜手术”会议，作《后房型人工晶体植入术初步体会》发言。1997年，医学会会员姚春生参加亚洲第三届微循环学术研讨会，宣读论文《高血压病人的微循环和血液流变学变化的研究》。2000年，市纺织工程学会邀请上海东华大学教授作《二十一世纪纺织工业发展》讲座。2003年，市科协邀请印度知名软件专家罗京作“IT技术的现状与前景”讲座。2006年开展通州市首届自然科学优秀学术论文评审，47篇论文获奖。

1993年—2009年6月，全市开展“厂会协作”项目300余个。市农学会与市专用肥料厂、市机电协会与南通上柴星维油泵油嘴有限公司的对口协作活动，为企业节能降耗、增效起到积极作用。市农学会有55项（次）协作成果获奖，其中省部级2项、市厅级25项。市老年科协与有关企业9个协作项目取得较好的经济效益。王为民等研制开发的包裹型长效腐植酸尿素被评为中国科协优秀协作项目，缓释腐植酸有机复合肥被列入2001年国家重要科技成果、国家重点推广项目、省高新技术产品，获得国家经贸委、科技部成果转化资金130万元。2005年，市老年科协与南通兴龙线带机械有限公司开发的PTHD96型电脑控制提花编织机项目，获南通市科技进步一等奖、省科技进步三等奖。2007年实施“双百”（百名专家兴百企、百名专家兴百村）工程，136名专家和86个企业进行项目对接，其中1项被列入省重大科技创新项目。

1993年起，在全市企业科协中开展“讲理想、比贡献”（简称“讲、比”）活动。至2009年6月，全市有8万多人次提合理化建议3万多条（次），技术攻关7000多项（次）。586个“讲、比”活动项目受到南通市表彰，其中先进集体261个、先进个人164人。沈宾义、陈卫东、黄霞、季东华、瞿启忠、邢元德被中国科协评为“讲、比”先进个人。

青少年科技活动  1993年—2009年6月，通州市针对青少年的兴趣爱好，逐步在中小学建立航空模型、标本制作、小发明、小创造、环保、计算机等科技兴趣小组1000多个，建科普特色学校13所，南通市级以上科普教育示范基地学校7所。举办20届青少年科技创新赛，有138件作品获省级奖项。其中，石港小学曹杨的“雷电能源转换器”，于2003年在国家青少年科技创新赛中获科学幻想绘画二等奖。组织开展各项青少年科教活动2.6万多场，参加活动的青少年250万多人次。1999年举办全市第一届中小学生航空模型锦标赛，至2009年6月共举办11届，每届参赛学生在500人以上；2000年，市实验小学航模队在省航空模型锦标赛中获团体一等奖及个人金、银牌各1枚；2002年，市航模代表队在南通市航模锦标赛中获团体第一名。2004年5月举办全市首届“电信杯”中小学生四驱车模比赛，79所中小学1000多名学生参加。2006年举办全市首届中小学生“智力七巧板”科普活动，1478名学生参赛，其中7名学生在第十届智力七巧板科普系列活动全国总决赛中获得10个奖项。2007年，市科协获省第十八届青少年科技创新赛优秀组织奖。